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- PDB-5kdi: How FAPP2 Selects Simple Glycosphingolipids Using the GLTP-fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdi
タイトルHow FAPP2 Selects Simple Glycosphingolipids Using the GLTP-fold
要素Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
キーワードLIPID TRANSPORT / GLTP-fold / lipid transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide 1-phosphate binding / ceramide transport / glycolipid binding / Glycosphingolipid transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...glycolipid transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide 1-phosphate binding / ceramide transport / glycolipid binding / Glycosphingolipid transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lipid transport / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / trans-Golgi network / protein transport / Golgi membrane / Golgi apparatus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily ...Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6S8 / Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ochoa-Lizarralde, B. / Popov, A.N. / Samygina, V.R. / Patel, D.J. / Brown, R.E. / Malinina, L.
資金援助 米国, スペイン, ロシア, 3件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS GM45928, NCI121493 米国
CICbioGUNECICbioGUNE research funds スペイン
RFBR14-04-01671 ロシア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2018
タイトル: Structural analyses of 4-phosphate adaptor protein 2 yield mechanistic insights into sphingolipid recognition by the glycolipid transfer protein family.
著者: Ochoa-Lizarralde, B. / Gao, Y.G. / Popov, A.N. / Samygina, V.R. / Zhai, X. / Mishra, S.K. / Boldyrev, I.A. / Molotkovsky, J.G. / Simanshu, D.K. / Patel, D.J. / Brown, R.E. / Malinina, L.
履歴
登録2016年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4304
ポリマ-46,9782
非ポリマー1,4522
8,881493
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2152
ポリマ-23,4891
非ポリマー7261
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family A member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2152
ポリマ-23,4891
非ポリマー7261
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.241, 74.607, 93.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family A member 8 / PH domain-containing family A member 8 / Phosphatidylinositol-four-phosphate adapter protein 2 / ...PH domain-containing family A member 8 / Phosphatidylinositol-four-phosphate adapter protein 2 / hFAPP2 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-86 / FAPP2-GLTPH domain


分子量: 23489.021 Da / 分子数: 2 / 変異: E377A, E378K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHA8, FAPP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JA3
#2: 化合物 ChemComp-6S8 / (~{Z})-~{N}-[(~{E},2~{S},3~{R})-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-octadec-4-en-2-yl]octadec-9-enamide / N-(9Z-octadecenoyl)-1-beta-galactosyl-sphing-4-enine


分子量: 726.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C42H79NO8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 13-15% PEG8000, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→15 Å / Num. obs: 78300 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EUK
解像度: 1.45→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.32 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1771 4122 5 %RANDOM
Rwork0.1308 ---
obs0.1331 78300 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 172.51 Å2 / Biso mean: 24.523 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 102 493 3905
Biso mean--35.32 45.17 -
残基数----422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9974936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12836294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7135439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.525.065154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64715676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5121514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.09536183
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free48.0495130
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.85756472
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 270 -
Rwork0.247 5408 -
all-5678 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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