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- PDB-5jzq: Ultrahigh-resolution centrosymmetric crystal structure of Z-DNA r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jzq
タイトルUltrahigh-resolution centrosymmetric crystal structure of Z-DNA reveals massive presence of multiple conformations
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA duplex / self-complementary duplex / centrosymmetric space group / DNA enantiomer / racemate / L-ribose nucleic acid / disorder / macromolecular phase problem / ab initio methods / dual-space methods
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.78 Å
データ登録者Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Ultrahigh-resolution centrosymmetric crystal structure of Z-DNA reveals the massive presence of alternate conformations.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 1993
タイトル: Structural characteristics of enantiomorphic DNA: crystal analysis of racemates of the d(CGCGCG) duplex
著者: Doi, M. / Inoue, M. / Tomoo, K. / Ishida, T. / Ueda, Y. / Akagi, M. / Urata, H.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A.
著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2001
タイトル: Anomalous signal of phosphorus used for phasing DNA oligomer: importance of data redundancy.
著者: Dauter, Z. / Adamiak, D.A.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Ultrahigh-resolution crystal structures of Z-DNA in complex with Mn(2+) and Zn(2+) ions.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr(3+) cations.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Atomic resolution structure of a chimeric DNA-RNA Z-type duplex in complex with Ba(2+) ions: a case of complicated multi-domain twinning.
著者: Gilski, M. / Drozdzal, P. / Kierzek, R. / Jaskolski, M.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6935
ポリマ－3,6202
非ポリマー733
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area2440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.300, 17.610, 36.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.73, 90.00
Int Tables number15
Space group name H-MC12/c1
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

MG

21A-241-

HOH

31A-244-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: racemic mixture of D- and L-oligodeoxyribonucleotides
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA MIXED 1:1 WITH 0.2 M (NH4)2OAc, 0.15 M Mg(OAc)2, 0.05 M HEPES SODIUM PH 7.0 AND 5% (W/V) PEG 4000 AND EQUILIBRATED AGAINST 0.5 ML of 5% (V/V) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.7999 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月29日
放射モノクロメーター: Double crystal Si (111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.78→38.93 Å / Num. obs: 53660 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 9.01 % / Biso Wilson estimate: 12.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0339 / Net I/σ(I): 25.75
反射 シェル解像度: 0.78→0.8 Å / 冗長度: 4.54 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XPREPデータ削減
SHELXS位相決定
SHELXL2014/7精密化
SHELXL-97精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.78→38.93 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
StereochEM target val spec case: PHOSPHATE AND GLYCOSIDIC ANGLES ACCORDING TO PDB MODEL 3P4J
立体化学のターゲット値: CLOWNEY, GELBIN & PARKINSON
詳細: ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE AND ALL REFLECTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1425 982 1.83 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
all0.1383 ---
obs0.1399 53660 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.(1975) 91, 201
Refine analyzeNum. disordered residues: 45 / Occupancy sum hydrogen: 133 / Occupancy sum non hydrogen: 339.1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.78→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 3 142 385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0169
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.776
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1275
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0652
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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