PDB-3p4j: Ultra-high resolution structure of d(CGCGCG)2 Z-DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p4j

タイトル

Ultra-high resolution structure of d(CGCGCG)2 Z-DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA

機能・相同性

SPERMINE / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.55 Å

データ登録者

Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A.
著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z.

履歴

登録	2010年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Refinement description
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p4j.cif.gz	28.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p4j.ent.gz	19.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ickS 1d48 1dcg 1i0t 2dcg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ick-d 2dcg-d 4hig-d 2k0c-d 2n58-d 4hif-d 1cs7-2 1puy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

3.82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.880, 31.420, 43.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#2: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.77 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: DNA water solution mixed 1:1 v/v with 10% MPD, 12 mM spermine tetra-HCl, 40 mM HEPES pH 7.0 and equilibrated against 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.5904
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 DOUBLE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.5904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.55→30 Å / Num. obs: 130650 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 2.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 0.55→0.57 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.276 / % possible all: 53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXL		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ICK

1ick

解像度: 0.55→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: NONE
詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE AND NON-RESTRAINED ANISOTROPIC REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.085	1724	-	RANDOM
R_work	0.078	-	-	-
all	0.08	-	-	-
obs	0.078	130650	84.5 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	14	128	382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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