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- PDB-1cs7: SYNTHETIC DNA HAIRPIN WITH STILBENEDIETHER LINKER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cs7
タイトルSYNTHETIC DNA HAIRPIN WITH STILBENEDIETHER LINKER
要素5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
キーワードDNA / DNA HAIRPIN
機能・相同性STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lewis, F.D. / Liu, X. / Wu, Y. / Miller, S.E. / Wasielewski, M.R. / Letsinger, R.L. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Tereshko, V. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999
タイトル: Structure and Photoinduced Electron Transfer in Exceptionally Stable Synthetic DNA Hairpins with Stilbenediether Linkers
著者: Lewis, F.D. / Liu, X. / Wu, Y. / Miller, S.E. / Wasielewski, M.R. / Letsinger, R.L. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Tereshko, V. / Egli, M.
履歴
登録1999年8月17日登録サイト: NDB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
B: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
C: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
D: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7458
ポリマ－16,3954
非ポリマー3504
水19811
1
A: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1862
ポリマ－4,0991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1862
ポリマ－4,0991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1862
ポリマ－4,0991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1862
ポリマ－4,0991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.76, 67.89, 61.83
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 96.8, 90.0
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(GP*(BRU)P*TP*TP*TP*GP*(S02)*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4098.678 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: OLIGONUCLEOTIDE, SRCL2, NA-CACODYLATE BUFFER, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SRCL211
2SODIUM CACODYLATE BUFFER11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.8 mMprotein1drop
240 mMsodium cacodylate1drop
350 mM1dropSrCl2
440 %1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. all: 3434 / Num. obs: 3434 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.095 / % possible all: 99
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON et al.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 202 7 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 2864 80.1 %-
all-3046 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1072 4 11 1087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0.5 / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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