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万見
- PDB-5jsn: Bcl2-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jsn
タイトルBcl2-inhibitor complex
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2
  • Bcl2 inhibitor
キーワードViral Protein/Inhibitor / Bcl-2 / antiBcl2 / complex / Viral Protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / glomerulus development / focal adhesion assembly / negative regulation of T cell apoptotic process / oocyte development / B cell apoptotic process / metanephros development / neuron maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to iron ion / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / B cell lineage commitment / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / BH3 domain binding / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / B cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / behavioral fear response / response to glucocorticoid / cellular response to glucose starvation / ovarian follicle development / skeletal muscle fiber development / spleen development / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / homeostasis of number of cells within a tissue / axonogenesis / negative regulation of autophagy / reactive oxygen species metabolic process / ossification / female pregnancy / negative regulation of cell migration / actin filament organization
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Ribosome-recycling factor / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Computationally designed high specificity inhibitors delineate the roles of BCL2 family proteins in cancer.
著者: Berger, S. / Procko, E. / Margineantu, D. / Lee, E.F. / Shen, B.W. / Zelter, A. / Silva, D.A. / Chawla, K. / Herold, M.J. / Garnier, J.M. / Johnson, R. / MacCoss, M.J. / Lessene, G. / Davis, ...著者: Berger, S. / Procko, E. / Margineantu, D. / Lee, E.F. / Shen, B.W. / Zelter, A. / Silva, D.A. / Chawla, K. / Herold, M.J. / Garnier, J.M. / Johnson, R. / MacCoss, M.J. / Lessene, G. / Davis, T.N. / Stayton, P.S. / Stoddard, B.L. / Fairlie, W.D. / Hockenbery, D.M. / Baker, D.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
B: Bcl2 inhibitor
C: Apoptosis regulator Bcl-2
D: Bcl2 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5764
ポリマ－75,5764
非ポリマー00
水2,738152
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2
B: Bcl2 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7882
ポリマ－37,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
2
C: Apoptosis regulator Bcl-2
D: Bcl2 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7882
ポリマ－37,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.005, 65.005, 134.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLUGLUAA7 - 2097 - 209
21THRTHRGLUGLUCC7 - 2097 - 209
12ASPASPTYRTYRBB3 - 1173 - 117
22ASPASPTYRTYRDD3 - 1173 - 117

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 23932.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10415
#2: タンパク質 Bcl2 inhibitor


分子量: 13854.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, pH7.0/100 mM HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.692
11-H, K, -L20.308
反射解像度: 2.1→32.5 Å / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / CC1/2: 0.508 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000708データ削減
HKL-2000708データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→32.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.627 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20534 1605 5 %RANDOM
Rwork0.15927 ---
obs0.1617 30512 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.56 Å20 Å20 Å2
2--17.56 Å20 Å2
3----35.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4374 0 0 152 4526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.966008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.73439880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4545526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42923.036247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.69515838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5491555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4523.2982113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4523.2982112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.524.9232633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5194.9232634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7443.6862357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7433.6862358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1795.4013375
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.60226.5145319
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.57726.3935292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A157440.14
12C157440.14
21B131060.16
22D131060.16
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 123 -
Rwork0.254 2108 -
obs--94.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69930.34650.16162.9680.71573.85070.0310.2036-0.0792-0.1102-0.01590.15230.1937-0.2935-0.01510.019-0.0117-0.02350.0499-0.00950.2169-3.5849-5.648258.2767
24.8921-1.2923-1.61372.26640.86143.65270.22510.12550.3492-0.1739-0.0076-0.2213-0.28280.0827-0.21750.0768-0.03580.00580.03090.01080.25087.331510.523258.8693
32.20280.60880.97041.97960.19844.33070.0922-0.17620.1390.1243-0.0236-0.0347-0.11870.329-0.06860.0361-0.01340.04290.0655-0.03160.1736.225437.244972.6643
42.9751-0.95771.33943.2358-2.01373.88760.0989-0.2512-0.26890.10590.09160.27370.1483-0.018-0.19050.0927-0.03380.03190.0455-0.01590.213822.455523.403870.2064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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