PDB-2xxz: Crystal structure of the human JMJD3 jumonji domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxz

タイトル

Crystal structure of the human JMJD3 jumonji domain

要素

LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HISTONE DEMETHYLATION / OXYGENASE / CHROMATIN MODIFICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / cardiac muscle cell differentiation / MLL3/4 complex / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / histone demethylase activity / cell fate commitment / response to fungicide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Che, K.H. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Ng, S.S. / Tumber, A. / Daniel, M. / Burgess-Brown, N. / Savitsky, P. / Ugochukwu, E. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Jmjd3 Jumonji Domain
著者: Che, K.H. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Ng, S.S. / Tumber, A. / Daniel, M. / Burgess-Brown, N. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, ...

履歴

登録	2010年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxz.cif.gz	253.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxz.ent.gz	205.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xxz_validation.pdf.gz	297.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxz_full_validation.pdf.gz	302 KB	表示
XML形式データ	2xxz_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	2xxz_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xue
類似構造データ	2now-d 2i0o-d 2a8u-d 3cer-3 2o1g-d 5w40-4 3v93-3 6o2d-d 2pgy-d 2npk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B

B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B

ヘテロ分子

76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.757, 71.431, 159.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B / JMJD3 / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / LYSINE DEMETHYLASE 6B 分子量: 37686.949 Da / 分子数: 2 / 断片: JUMONJI DOMAIN, RESIDUES 1173-1502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 6B / JMJD3 / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 3 / LYSINE DEMETHYLASE 6B

分子量: 37686.949 Da / 分子数: 2 / 断片: JUMONJI DOMAIN, RESIDUES 1173-1502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2
参照: UniProt: O15054, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 330分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-8XQ / 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / 5-カルボキシ-8-ヒドロキシキノリン分子量: 189.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.16 Å / Num. obs: 61104 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→29.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.236 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21578	3016	5 %	RANDOM
R_work	0.18324	-	-	-
obs	0.18486	61100	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4612	0	52	319	4983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.931	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	3	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.971	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.913	24.095	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.374	15	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.631	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.688	3	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.404	3	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.871	5	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.105	7	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.069	11	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	265	-
R_work	0.333	4968	-
obs	-	-	99.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9421	0.4975	-0.0145	0.9109	-0.5395	1.5247	-0.0088	0.0763	-0.0191	-0.0143	-0.0187	-0.0221	0.1225	0.0794	0.0275	0.1221	0.0021	0.0054	0.1863	-0.015	0.1533	49.9007	48.2989	-13.8463
2	0.9288	0.2186	0.069	0.632	-0.4078	2.1837	-0.0125	-0.0564	0.0542	0.0783	0.0089	0.0193	-0.1193	-0.0452	0.0037	0.0821	0.0026	-0.0006	0.2205	0.0065	0.1761	51.9917	54.4655	10.4149
3	6.2658	-0.6355	1.1018	3.2935	-2.7949	3.9547	-0.2004	-0.5539	-0.5901	0.1186	0.1108	-0.0687	0.9193	0.2853	0.0895	0.6595	0.183	0.0368	0.2147	0.0634	0.1692	50.3588	26.0087	9.8115
4	2.8404	0.7802	0.224	1.6504	-0.2082	0.8267	-0.0158	-0.1324	-0.1712	0.106	0.0501	-0.0792	0.1585	0.0094	-0.0343	0.1433	-0.0005	0.0015	0.2251	0.023	0.1621	57.1112	43.7475	18.2481
5	0.4915	-0.2375	0.2676	0.4974	-0.0337	1.397	0.0089	-0.0481	-0.0337	0.0388	0.0002	0.0571	0.1048	-0.1377	-0.0091	0.0967	-0.0196	0.0058	0.179	0.0067	0.1737	43.9322	46.4734	0.7549
6	0.7773	-0.3633	-0.0048	1.5465	0.4381	2.0369	0.024	-0.0274	0.0344	0.0251	-0.0574	0.0768	0.1793	-0.1424	0.0334	0.1437	-0.016	0.0144	0.207	-0.012	0.1441	45.1405	48.7691	-24.771
7	1.5921	1.7165	0.8351	2.1619	0.4508	1.9935	-0.3125	0.2302	0.1558	-0.5474	0.2617	0.2052	-0.0721	-0.0632	0.0507	0.2845	-0.0666	-0.0699	0.2245	0.0285	0.144	42.5983	54.9251	-48.0549
8	1.5628	1.3623	0.6305	2.4398	0.7672	1.5072	-0.2874	0.2774	0.0317	-0.6007	0.221	0.0365	-0.1097	-0.0194	0.0664	0.2733	-0.0602	-0.0074	0.2152	-0.0123	0.0858	42.3729	48.8428	-49.7312
9	0.4453	0.0974	0.4831	1.3847	0.1002	1.9709	-0.0194	0.0481	-0.0411	-0.1735	0.0302	0.0014	0.1962	0.0161	-0.0108	0.2052	-0.0051	0.0002	0.1149	-0.0142	0.1349	44.9821	40.814	-38.8798
10	2.0776	0.443	2.1406	3.7115	0.413	5.5379	-0.0369	0.2432	-0.0511	-0.056	-0.1332	-0.2793	-0.3745	0.5131	0.1701	0.1075	-0.0099	-0.0202	0.2649	0.025	0.2163	63.5671	58.4688	-24.1731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1175 - 1212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1213 - 1246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1247 - 1266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1267 - 1325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1326 - 1493
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1175 - 1214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1215 - 1251
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1252 - 1354
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1355 - 1484
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1485 - 1499

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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