PDB-5jof: Crystal structure of VRC03 gHVgLV antigen-binding fragment.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jof

タイトル

Crystal structure of VRC03 gHVgLV antigen-binding fragment.

要素

VRC03 gHV heavy chain
VRC03 gLV light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / CD4 binding site / neutralizing / antibody development

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.208 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Somatic Hypermutation-Induced Changes in the Structure and Dynamics of HIV-1 Broadly Neutralizing Antibodies.
著者: Davenport, T.M. / Gorman, J. / Joyce, M.G. / Zhou, T. / Soto, C. / Guttman, M. / Moquin, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Doria-Rose, N.A. / Hu, S.L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Lee, K.K.

履歴

登録	2016年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jof.cif.gz	668.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jof.ent.gz	562.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jof	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5jxaC 3se8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dba-d 6btj-2 3dgg-2 1cgs-d 6bhz-2 2y6s-2 7lk9-2 4qth-2 3nab-d 3qpq-4 1b2w-d 3qcu-1 5it2-d 6dg2-2 3kym-5 4d9l-2 3eo9-d 6fab-d 5cp7-2 3oau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: VRC03 gHV heavy chain

L: VRC03 gLV light chain

A: VRC03 gHV heavy chain

B: VRC03 gLV light chain

C: VRC03 gHV heavy chain

D: VRC03 gLV light chain

E: VRC03 gHV heavy chain

F: VRC03 gLV light chain

ヘテロ分子

189 kDa, 8 ポリマー
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1

A: VRC03 gHV heavy chain

B: VRC03 gLV light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
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2

L: VRC03 gLV light chain

C: VRC03 gHV heavy chain

D: VRC03 gLV light chain

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70.2 kDa, 3 ポリマー
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3

E: VRC03 gHV heavy chain

F: VRC03 gLV light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
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4

H: VRC03 gHV heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.922, 132.901, 188.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	VRC03 gHV heavy chain 分子量: 24096.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	VRC03 gLV light chain 分子量: 23071.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Tris pH 9, 17% PEG 8K, 0.33 M ammonium sulfate PH範囲: 8-9

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 36732 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 5.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SE8

3se8

解像度: 3.208→45.461 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.44 / 位相誤差: 22.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	1812	5 %
R_work	0.1953	-	-
obs	0.1976	36262	95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.208→45.461 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13167	0	5	66	13238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	13512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	18386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.048	8042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.208-3.2947	0.3029	147	0.2755	2536	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2947-3.3917	0.3164	143	0.2609	2624	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3917-3.5011	0.2785	118	0.2506	2684	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5011-3.6262	0.2861	125	0.2285	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6262-3.7713	0.2509	142	0.2241	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7713-3.9428	0.3031	149	0.22	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9428-4.1506	0.2219	140	0.1975	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1506-4.4104	0.2334	138	0.1682	2646	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4104-4.7506	0.2218	147	0.1572	2669	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7506-5.2281	0.2151	136	0.1562	2627	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2281-5.9831	0.2199	135	0.1783	2664	X-RAY DIFFRACTION	94
5.9831-7.5326	0.2548	149	0.1929	2648	X-RAY DIFFRACTION	93
7.5326-45.4655	0.1805	143	0.1672	2664	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7882	-0.5341	-0.5368	0.5521	0.3319	1.2892	0.0489	-0.1754	0.454	0.2677	-0.0672	-0.0029	-0.108	-0.0689	0.0036	0.3596	0.0182	-0.0514	0.2122	-0.0172	0.3423	17.4989	51.725	-6.3464
2	0.7183	0.2194	-0.4914	0.6348	0.6237	1.377	-0.1732	-0.0705	0.1018	0.3015	-0.1376	-0.1451	-0.0374	0.1483	-0.2615	0.3151	0.0063	-0.0663	0.2197	0.0544	0.2889	14.9818	49.8458	-12.4935
3	2.1922	1.5983	0.6219	3.3009	1.6464	2.2526	-0.0773	-0.4395	0.3337	0.0506	-0.0056	0.2842	-0.0816	-0.0699	0.1695	0.3658	0.0792	0.0955	0.357	-0.0568	0.3446	-17.6471	37.3182	-8.3275
4	0.8326	0.4074	-0.0929	0.2093	-0.1021	0.1625	0.268	0.3887	0.4927	0.0817	-0.1747	0.2808	0.1612	0.1839	0.0225	0.4438	0.0868	0.0037	0.4038	0.0199	0.3931	9.7767	49.3566	-33.8662
5	0.8652	-0.3171	0.919	1.8635	0.1004	1.6466	-0.0607	0.1924	-0.1299	0.29	0.2003	-0.4087	0.2071	0.0644	0.5554	0.2751	0.0597	-0.0587	0.2075	0.0023	0.1874	16.9634	43.1093	-28.6937
6	0.2545	0.0175	0.0134	0.1234	-0.1065	0.462	0.0254	-0.3217	-0.1273	0.2131	-0.1885	-0.2805	-0.1196	0.1544	-0.1346	0.2577	0.0817	-0.0099	0.3801	0.0058	0.2611	10.6664	44.4887	-27.5028
7	0.3759	-0.2475	-0.0669	1.6161	0.6062	1.3278	-0.3156	-0.2698	0.0443	0.282	0.1547	0.4195	0.0172	-0.3853	0.6303	0.2877	0.0762	0.0257	0.4918	-0.0802	0.3516	-19.0574	41.0592	-20.1127
8	5.1492	-3.421	-6.2297	4.6308	3.4114	8.2317	0.5476	-0.2821	0.8702	-0.6669	-0.3673	0.2071	-0.9921	0.2797	-0.1926	0.3475	-0.0007	-0.0732	0.4931	-0.0449	0.4931	-19.2379	45.7767	-23.4949
9	0.7996	0.811	0.0383	1.4393	-0.9212	1.5863	-0.2655	-0.5479	0.4513	-0.2585	0.6281	0.4521	0.1672	-0.567	-0.1087	0.5847	0.1249	-0.1686	0.3577	0.0452	0.7672	-22.0483	53.9991	-19.8031
10	8.6791	0.846	-2.8351	4.8765	2.7671	3.2302	0.0774	-0.74	-1.6129	0.6389	0.4783	-0.3613	0.5566	-0.1228	0.4384	0.4746	0.1342	-0.0517	0.3581	0.0043	0.3022	-7.9557	35.1108	-25.2206
11	3.0561	1.3693	-2.5755	4.9293	1.4846	6.6715	0.3057	-0.3143	-0.2465	0.7623	-0.3865	1.2874	-0.5252	-0.2334	0.049	0.4766	0.0593	0.0139	0.2826	0.0238	0.5197	-25.4843	51.4681	-12.3997
12	8.6512	-3.4984	-5.3372	4.8615	3.6735	7.9931	0.6791	0.6673	0.3149	-0.397	-0.605	0.8833	-0.923	-1.5757	-0.0324	0.5109	0.1128	-0.0406	0.5557	-0.0185	0.8132	-31.0848	51.505	-19.5718
13	6.4505	-3.1116	-3.9784	3.3815	3.1616	6.3311	0.2371	1.5129	0.0703	-0.0006	-0.6822	0.7716	-0.1021	-1.8636	0.3088	0.4294	-0.0273	-0.0261	0.7466	-0.0578	0.6772	-29.2142	44.5207	-25.9
14	1.4221	0.0066	-0.0456	0.4965	-0.5465	0.5235	-0.1115	-1.1099	0.1687	0.3348	-0.3819	0.2896	-0.644	-0.3565	-0.3728	0.4654	-0.077	0.0309	0.4697	-0.0422	0.3599	-21.3511	111.2394	-33.755
15	1.7808	-0.4695	0.371	0.2755	-0.5177	0.9367	-0.3963	-0.1666	0.1485	0.0902	0.212	0.2449	-0.0904	-0.1587	-0.1489	0.3976	-0.0616	0.0258	0.2865	-0.017	0.3219	-19.1053	108.4767	-43.6149
16	0.2433	-0.2607	0.0414	0.2732	-0.0399	0.1113	-0.436	-0.1119	-0.3767	-0.7236	0.2415	-0.0783	0.031	-0.207	-0.0002	0.4998	-0.1178	0.1182	0.427	0.0143	0.3883	-20.6137	101.6617	-37.7866
17	0.3022	-0.1594	0.3749	0.1127	-0.2204	0.4413	-0.0014	-0.2022	0.3929	0.2226	0.031	0.1555	-0.223	0.147	-0.0055	0.4614	-0.0581	-0.0184	0.4703	0.0255	0.3848	-9.2059	108.9603	-39.3559
18	2.2428	0.0095	2.0488	1.7152	-0.9078	4.3195	-0.256	-0.3574	-0.0169	0.8074	0.7181	0.0939	-0.8061	-0.4273	-0.3464	1.0447	-0.0157	0.235	0.6462	-0.0553	0.6093	-21.15	91.4663	-9.4019
19	3.207	0.2182	0.2825	2.2575	0.5742	0.3064	-0.165	-0.7877	0.1921	0.5649	0.2649	0.1346	0.2301	-0.4612	-0.084	1.1274	-0.0149	0.255	0.7241	-0.0741	0.4792	-21.7007	91.5566	-6.708
20	0.6324	-0.5638	-0.1511	0.4934	0.1772	0.151	0.144	-0.0801	0.1492	0.0353	-0.2944	0.189	0.351	0.7223	0.0002	0.5196	0.0386	0.0826	0.6855	0.1126	0.3857	3.4548	91.2316	-34.8252
21	0.4841	-0.1679	0.0638	0.0476	-0.0219	0.0057	-0.071	0.4533	-0.247	-0.2137	-0.3741	-0.4717	0.7299	1.0532	-0.0837	0.5308	0.0928	0.0944	0.4228	0.1583	0.435	3.056	93.1112	-45.7379
22	0.836	-0.1475	0.2782	1.0717	-0.4994	0.3082	-0.3111	-0.159	0.738	0.563	0.3471	0.1093	0.3997	-0.0473	0.0307	0.4621	-0.0621	0.0177	0.4352	0.1515	0.2401	-1.6093	103.6793	-36.5347
23	0.7311	-0.4594	-0.1046	0.5021	-0.2987	0.4603	0.1128	0.2031	-0.066	0.3657	-0.1509	-0.3414	0.0987	0.4459	-0.2322	0.4538	0.0382	-0.1279	0.551	0.1243	0.2945	3.6467	100.3509	-36.6344
24	4.809	-2.3544	2.2557	5.0178	2.4361	4.3638	-0.5592	-0.5153	-0.2455	0.8488	0.1142	-0.4725	-0.1342	-0.0723	-0.3277	0.8241	0.0575	-0.0244	0.4765	0.0509	0.4401	2.8551	86.3655	-18.7517
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 82 )
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 103 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 129 through 150 )
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 175 through 186 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 187 through 197 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 198 through 214 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 1 through 28 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 29 through 82 )
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 96 through 111 )
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 166 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 1 through 18 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 19 through 29 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 30 through 49 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 50 through 102 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 103 through 113 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 114 through 150 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 151 through 197 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 198 through 213 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 18 through 40 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 41 through 82 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 82A through 93 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 94 through 100C)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 100D through 157 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 158 through 188 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 189 through 200 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 201 through 214 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 1 through 24 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 25 through 75 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 76 through 102 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 103 through 174 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 175 through 213 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 1 through 40 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 41 through 63 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 64 through 95 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 96 through 124 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 125 through 145 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 146 through 157 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 158 through 193 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'E' and (resid 194 through 214 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 1 through 29 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 30 through 61 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 62 through 75 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 76 through 102 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 103 through 123 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 124 through 137 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'F' and (resid 138 through 150 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'F' and (resid 151 through 163 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'F' and (resid 164 through 186 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'F' and (resid 187 through 198 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'F' and (resid 199 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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