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- PDB-5jlc: Structure of CYP51 from the pathogen Candida glabrata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jlc
タイトルStructure of CYP51 from the pathogen Candida glabrata
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCATSE INHIBITOR / pathogen / Candida glabrata / CYP51 / itraconazole / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCATSE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ergosterol biosynthetic process / sterol 14-demethylase activity / sterol 14alpha-demethylase / perinuclear endoplasmic reticulum / cortical endoplasmic reticulum / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRIETHYLENE GLYCOL / Lanosterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Keniya, M.V. / Sabherwal, M. / Wilson, R.K. / Sagatova, A.A. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
Marsden Fund ニュージーランド
引用
ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Full-Length Lanosterol 14 alpha-Demethylases of Prominent Fungal Pathogens Candida albicans and Candida glabrata Provide Tools for Antifungal Discovery.
著者: Keniya, M.V. / Sabherwal, M. / Wilson, R.K. / Woods, M.A. / Sagatova, A.A. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.
#1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Binding of the Antifungal Drug Fluconazole to Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14alpha-Demethylase.
著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D.
#2: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Architecture of a single membrane spanning cytochrome P450 suggests constraints that orient the catalytic domain relative to a bilayer.
著者: Monk, B.C. / Tomasiak, T.M. / Keniya, M.V. / Huschmann, F.U. / Tyndall, J.D. / O'Connell, J.D. / Cannon, R.D. / McDonald, J.G. / Rodriguez, A. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2016年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年2月12日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: citation / citation_author / entity_poly
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1097
ポリマ－59,3281
非ポリマー1,7816
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)237.940, 237.940, 237.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase / CYPLI / Cytochrome P450 51 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P450-LIA1 / Sterol 14-alpha demethylase


分子量: 59327.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: ERG11, CYP51, CAGL0E04334g / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ADdelta / 参照: UniProt: P50859, sterol 14alpha-demethylase

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非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-1YN / 2-[(2R)-butan-2-yl]-4-{4-[4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazin-1-yl]phenyl}-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one / Itraconazole / 4-[4-[4-[4-[[(2R,4S)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-2-[(1H-1,2,4-トリアゾ-ル-1(以下略)


分子量: 705.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38Cl2N8O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.5 M Glycine,40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→97.14 Å / Num. obs: 44748 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 43.44 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.496.11.5521100
8.98-97.145.60.072198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.82 Å97.14 Å
Translation7.82 Å97.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXJ

4lxj


解像度: 2.4→48.569 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 24.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 4221 4.97 %
Rwork0.2005 --
obs0.202 44748 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.18 Å2 / Biso mean: 47.9072 Å2 / Biso min: 24.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4129 0 120 85 4334
Biso mean--64.92 46.28 -
残基数----506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9865948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8772619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4004-2.42760.37541290.327727122841100
2.4276-2.45620.35121380.328627072845100
2.4562-2.48620.37341440.320326842828100
2.4862-2.51760.34281570.313626632820100
2.5176-2.55080.38071480.296627052853100
2.5508-2.58570.2911360.291426752811100
2.5857-2.62260.2641470.276226682815100
2.6226-2.66180.29171330.267127182851100
2.6618-2.70340.26711360.262527202856100
2.7034-2.74770.28991500.251426722822100
2.7477-2.79510.29971480.242426842832100
2.7951-2.84590.29821520.231726552807100
2.8459-2.90060.26011380.230627522890100
2.9006-2.95980.26541470.215426422789100
2.9598-3.02420.21491260.219227062832100
3.0242-3.09450.26231540.214326772831100
3.0945-3.17190.23961400.205827152855100
3.1719-3.25760.28891420.193926692811100
3.2576-3.35340.21091310.185226912822100
3.3534-3.46170.18891680.181126852853100
3.4617-3.58530.22561160.178827302846100
3.5853-3.72880.15451250.170827002825100
3.7288-3.89850.19281060.157627422848100
3.8985-4.10390.18781320.158527152847100
4.1039-4.36090.18811600.171326522812100
4.3609-4.69730.18061340.155227012835100
4.6973-5.16960.18661610.166926662827100
5.1696-5.91650.2121130.18672703281699
5.9165-7.44980.23941580.20442661281999
7.4498-48.57920.24591520.20342639279198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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