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Yorodumi- PDB-4nas: The crystal structure of a rubisco-like protein (MtnW) from Alicy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nas | ||||||
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Title | The crystal structure of a rubisco-like protein (MtnW) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 | ||||||
Components | Ribulose-bisphosphate carboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase activity / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of a rubisco-like protein (MtnW) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446. Authors: Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nas.cif.gz | 603.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nas.ent.gz | 519.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nas.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nas_validation.pdf.gz | 482.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nas_full_validation.pdf.gz | 491.5 KB | Display | |
Data in XML | 4nas_validation.xml.gz | 60.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4nas_validation.cif.gz | 85.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nas | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. IT IS PREDICTED THAT THE CHAINS A AND B, C AND D FORM A DIMER RESPECTIVELY. |
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 44384.340 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 3-408 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (bacteria) Strain: DSM 446 / Gene: Aaci_0096 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE)magic References: UniProt: C8WQ56, ribulose-bisphosphate carboxylase |
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-Non-polymers , 5 types, 648 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2M CalCl2, 20%(w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97941 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2013 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97941 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→29.5 Å / Num. all: 113403 / Num. obs: 113403 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 22.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5569 / % possible all: 94.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.92→29.5 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→29.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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