PDB-2d69: Crystal structure of the complex of sulfate ion and octameric rib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d69

タイトル

Crystal structure of the complex of sulfate ion and octameric ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Pyrococcus horikoshii OT3 (form-2 crystal)

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase

キーワード

LYASE / alpha/beta barrel / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mizohata, E. / Mishima, C. / Akasaka, R. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of sulfate ion and octameric ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) from Pyrococcus horikoshii OT3 (form-2 crystal)
著者: Mizohata, E. / Mishima, C. / Akasaka, R. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d69.cif.gz	345.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d69.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/2d69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/2d69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cwxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2cxe-1 2cwx-1 6t66-d 4889 3bgw-d 1xdo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pho001000939.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

195 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
390 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.6 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.591, 148.774, 108.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2181- HOH
2	1	B-2186- HOH
3	1	D-3175- HOH
4	1	D-3177- HOH

詳細

The biological assembly is the octamer. Biological assembly (segid A, B, C, D, E, F, G, H) is generated from the asymmetric component (A, B, D, E) by operator -x+1, y, -z+1. (A, B, D, E) -> (G, F, H, C)

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO / ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase 分子量: 48312.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58677, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Ammonium sulfate, sodium bicarbonate, magnesium chloride, sodium acetate, 2cabp, Tris-HCl , pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 162742

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID: 2CWX

2cwx

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.747 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20922	8084	5 %	RANDOM
R_work	0.17973	-	-	-
obs	0.18121	154541	94.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0 Å²	1.67 Å²
2-	-	-1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13217	0	95	750	14062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	13609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.966	18393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3	28987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.692	5	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	15055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	14430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	7824
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.91	1.5	8277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.604	2	13260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.578	3	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.066	4.5	5133
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.323	550
R_work	0.312	10454

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5214	-0.1016	-0.1899	0.7802	0.1735	0.4238	0.0073	0.0503	-0.0964	-0.0331	-0.0261	0.241	-0.0912	-0.1161	0.0187	0.0853	0.0615	-0.0334	0.192	-0.0106	0.1342	17.395	-0.4684	35.8628
2	0.7973	0.0908	-0.0815	0.3979	0.0177	0.6928	0.0502	-0.0675	-0.1938	0.0521	-0.058	-0.0099	0.0863	-0.0233	0.0078	0.11	-0.0246	-0.0139	0.1039	0.0297	0.1731	51.6478	-30.8985	56.9439
3	0.6284	-0.0023	0.1854	0.507	-0.1046	1.0769	0.0351	-0.0938	0.2259	0.0593	-0.0546	0.0595	-0.2897	-0.0838	0.0195	0.2686	0.0273	0.0617	0.0853	-0.0421	0.1064	43.6481	40.2282	50.9756
4	0.8648	-0.1732	-0.2181	0.9957	0.0966	0.5092	0.0564	0.2352	-0.0389	-0.2152	-0.0495	0.1468	-0.1137	-0.1208	-0.0069	0.1783	0.0736	-0.0581	0.2137	-0.0162	0.0339	29.9269	9.5152	15.065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 424	1 - 424
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 425	8 - 425
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	1 - 419	1 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	9 - 418	9 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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