PDB-5je0: Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5je0

タイトル

Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenosylhomocysteine (SAH) and 1,6-didemethyltoxoflavin

要素

Methyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine (SAM) / Substrate / Complex

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / pyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(6H,8H)-dione / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia glumae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.552 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM73220	米国
Robert A. Welch Foundation	A-0034	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103485	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Burkholderia glumae ToxA Is a Dual-Specificity Methyltransferase That Catalyzes the Last Two Steps of Toxoflavin Biosynthesis.
著者: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2016年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5je0.cif.gz	226 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5je0.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5je0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5je0_validation.pdf.gz	984 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5je0_full_validation.pdf.gz	986.4 KB	表示
XML形式データ	5je0_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5je0_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/5je0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jdyC 5jdzC 5je1C 5je2C 5je3C 5je4C 5je5C 5je6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jdz-2 5je4-1 5je1-2 5je2-2 6kbu-1 5h6g-2 5aby-1 5jdy-1 4gux-1 4ue9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyl transferase

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

56.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.857, 78.558, 144.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methyl transferase / Methyltransferase / Putative ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase / TRP-1 分子量: 27819.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア) 遺伝子: toxA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LBJ0
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-AZ8 / pyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(6H,8H)-dione / 1,6-didemethyltoxoflavin 分子量: 165.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₃N₅O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 % / 解説: Plate
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18 - 23% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 , 100 mM Tris, pH 6.1 - 6.8, 6 mM SAH, and 10 mM 1,6-didemethyltoxoflavin PH範囲: 6.1 - 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9759 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9759 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→17.7 Å / Num. obs: 76116 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10-2155-000)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Burkholderia glumae ToxA

解像度: 1.552→17.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	3669	4.88 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2083	75116	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.552→17.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3834	0	76	757	4667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	5562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.313	2376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.552-1.5724	0.3248	144	0.2516	2538	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5724-1.594	0.2843	150	0.2328	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6167	0.2665	146	0.2203	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6167-1.6408	0.2729	145	0.2172	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6408-1.6665	0.2907	133	0.2155	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6665-1.6938	0.2392	129	0.21	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6938-1.7229	0.2562	162	0.2099	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7229-1.7542	0.2647	148	0.2001	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7542-1.788	0.2741	141	0.2064	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8244	0.2587	158	0.2346	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8244-1.864	0.3503	118	0.3246	2685	X-RAY DIFFRACTION	95
1.864-1.9074	0.3427	113	0.3739	2524	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9074-1.955	0.4234	142	0.3797	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
1.955-2.0078	0.3157	123	0.2476	2721	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0078-2.0668	0.2229	144	0.1881	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0668-2.1334	0.2111	168	0.1864	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1334-2.2095	0.3011	149	0.2316	2618	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2095-2.2978	0.3425	136	0.3056	2780	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2978-2.4021	0.2709	148	0.2306	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4021-2.5284	0.2136	132	0.1782	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5284-2.6863	0.1952	143	0.1752	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6863-2.8929	0.2178	146	0.1686	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8929-3.1825	0.1967	160	0.1659	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1825-3.6396	0.2162	155	0.1581	2768	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6396-4.5724	0.1898	78	0.1362	1968	X-RAY DIFFRACTION	73
4.5724-17.7225	0.1907	158	0.1631	2878	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7123	1.2664	1.6967	3.074	1.8125	5.9061	0.0309	0.6812	0.4472	-0.3024	-0.4651	0.5068	-0.2989	-0.492	0.4089	0.2677	0.0843	-0.1122	0.6737	0.0156	0.399	20.5585	48.5159	78.5176
2	1.7484	-0.0682	0.9992	0.9178	0.3506	0.9494	0.0221	0.4971	-0.0539	-0.0036	-0.2385	0.1349	0.2194	-0.3852	0.1701	0.1893	-0.0612	0.0302	0.4326	-0.1201	0.1922	17.0025	32.5604	78.9257
3	7.4283	3.1283	6.5771	4.5761	1.1863	7.3552	-0.6535	0.5034	0.5035	-0.1914	0.1249	-0.036	-0.4935	-0.213	0.4523	0.1581	0.0393	-0.0105	0.4887	-0.0415	0.2382	8.4657	45.1005	82.6271
4	1.0535	-0.229	0.9532	1.0132	-0.2319	1.1426	-0.0385	0.0186	-0.0466	0.0717	-0.0359	0.0939	0.2213	-0.4708	0.0578	0.1878	-0.0693	0.0517	0.3938	-0.1075	0.2036	13.3686	34.2475	91.9936
5	2.4416	0.5831	0.1865	1.6449	0.7105	2.6366	-0.0435	0.319	0.1556	0.0324	-0.0295	0.0906	0.0796	0.0948	0.0541	0.1141	-0.0035	-0.0034	0.2285	-0.0121	0.1126	31.6485	38.4481	86.0219
6	0.8073	-0.068	0.0785	0.7959	1.3489	2.2048	0.0022	0.6899	-0.2057	-0.0786	0.0109	0.0787	0.1681	0.2688	0.0699	0.1884	-0.0051	0.0102	0.5318	-0.0699	0.1432	32.9868	31.6665	73.7643
7	1.7492	0.4938	-0.6775	3.4549	-1.1465	2.9612	0.0446	-0.1752	0.203	0.186	-0.1473	-0.0781	-0.2709	0.0371	0.0759	0.0656	0.0118	-0.039	0.0973	0.003	0.1279	24.5448	41.6052	50.5256
8	1.8349	-0.3579	0.6142	3.2416	-0.1833	1.4638	-0.0332	-0.0631	-0.0986	0.0302	-0.0297	-0.0879	0.2118	0.3184	0.0382	0.1032	0.0384	0.0175	0.0922	0.041	0.1418	33.3366	32.5444	44.8146
9	4.5485	-3.5479	4.5004	5.2437	-2.434	5.0136	-0.3047	0.1199	0.3306	0.1081	0.0345	-0.1213	-0.4188	0.3733	0.2264	0.1323	-0.0406	0.0303	0.161	0.0403	0.1818	38.4723	45.0937	43.9139
10	1.6189	1.0036	1.062	1.4916	0.1475	2.562	-0.1524	0.355	-0.1121	-0.0684	0.1432	-0.0819	0.0715	0.2941	0.0224	0.1238	0.0305	0.0381	0.1584	0.0134	0.1284	33.4923	34.5102	34.4997
11	1.7328	-0.3915	0.0316	1.3716	0.0795	1.4892	-0.0102	0.0141	0.0928	-0.0989	0.0075	0.0367	-0.0109	-0.1269	-0.0002	0.0923	-0.0026	-0.0123	0.0641	0.0184	0.0933	15.1053	39.1139	40.4195
12	1.9414	0.1368	0.1686	3.2403	3.0189	2.8055	-0.0523	-0.256	-0.1806	0.4053	-0.1242	0.1112	0.9043	-0.1464	0.1179	0.1589	-0.0015	-0.001	0.1343	0.0326	0.1393	15.4446	27.6896	50.7318
13	1.9911	-0.1085	0.0021	2.4025	1.1559	3.9832	-0.0172	-0.4961	-0.0433	0.282	0.1379	0.0466	0.1027	-0.4215	-0.0383	0.1411	0.0264	0.0001	0.1859	0.0327	0.1128	12.1963	35.4059	54.3689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 203 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 5 through 35 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 36 through 71 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 72 through 85 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 203 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 204 through 222 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 223 through 245 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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