PDB-6kbu: Crystal structure of yedK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kbu

タイトル

Crystal structure of yedK

要素

SOS response-associated protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA repair. abasic site.

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / protein-DNA covalent cross-linking repair / SOS response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, N. / Bao, H. / Huang, H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFC1004500	中国
National Natural Science Foundation of China	the Thousand Young Talents Program	中国
National Natural Science Foundation of China	31800619	中国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of abasic site sensing in single-stranded DNA by the SRAP domain of E. coli yedK.
著者: Wang, N. / Bao, H. / Chen, L. / Liu, Y. / Li, Y. / Wu, B. / Huang, H.

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kbu.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kbu.ent.gz	149.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kbu_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kbu_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
XML形式データ	6kbu_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6kbu_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kbsC 6kbxC 6kbzC 6kcqC 6kijC 2icuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1fm7-2 1n5i-d 5je0-1 4gaw-6 4ue9-d 3dt9-d 6rs6-d 2z42-d 1eyq-2 1j08-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: SOS response-associated protein

A: SOS response-associated protein

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SOS response-associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SOS response-associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.740, 67.327, 74.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SOS response-associated protein / yedk 分子量: 27680.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: yedK, C4J69_22885, ECTO6_01993, EFV06_12905, EFV16_12155, SAMEA3472108_01185, SAMEA3752559_04370 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2S5ZH06, UniProt: P76318*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M DL-malic acid pH7.0, 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 26234 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.174 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 136928

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	4.1	0.462	2345	0.768	0.239	0.524	0.976	88.7
2.18-2.26	4.3	0.447	2513	0.79	0.226	0.503	1.025	93.7
2.26-2.37	4.5	0.387	2575	0.858	0.193	0.435	0.997	96.6
2.37-2.49	5.2	0.355	2708	0.914	0.166	0.393	1.021	99.9
2.49-2.65	5.4	0.311	2674	0.925	0.145	0.345	1.018	99.7
2.65-2.85	5.5	0.25	2640	0.954	0.115	0.276	1.044	99.2
2.85-3.14	5.3	0.187	2684	0.972	0.086	0.207	1.046	98.7
3.14-3.59	5.9	0.143	2701	0.985	0.063	0.157	1.008	99.8
3.59-4.52	5.7	0.107	2638	0.989	0.047	0.117	0.943	98.1
4.52-40	6	0.095	2756	0.995	0.041	0.103	0.819	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ICU

2icu

解像度: 2.1→38.085 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2401	1214	5.06 %
R_work	0.1667	-	-
obs	0.1703	23970	88.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.7 Å² / B_iso mean: 29.624 Å² / B_iso min: 11.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→38.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3364	0	12	271	3647
B_iso mean	-	-	47.28	32.58	-
残基数	-	-	-	-	427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	4712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.993	2059

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0976-2.1815	0.266	104	0.1816	1714	1818	62
2.1815-2.2808	0.284	87	0.1912	2041	2128	71
2.2808-2.4011	0.2787	133	0.1928	2286	2419	81
2.4011-2.5515	0.2694	147	0.1907	2586	2733	91
2.5515-2.7484	0.295	157	0.2017	2755	2912	97
2.7484-3.0249	0.2495	131	0.1835	2815	2946	98
3.0249-3.4623	0.2512	165	0.1641	2821	2986	100
3.4623-4.3612	0.2089	139	0.1388	2836	2975	99
4.3612-38.0916	0.197	151	0.1518	2902	3053	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1534	-2.5593	0.4383	3.9498	-1.1919	2.7701	0.1546	-0.0776	0.0065	-0.0952	0.1146	-0.0547	-0.3966	0.062	-0.1931	0.1929	-0.0336	0.0232	0.1927	-0.0469	0.1998	-7.7166	-7.2333	81.7856
2	1.5029	0.5332	-2.4621	2.2084	-0.9259	4.0364	0.1621	-0.289	0.2601	0.438	0.0692	0.2198	-0.4314	-0.0094	-0.235	0.2255	0.0004	0.0151	0.212	-0.0152	0.2259	-14.1328	-8.4408	90.1467
3	0.7765	0.1298	0.1448	2.4507	0.7052	2.2825	0.0129	0.0032	0.002	0.1036	0.0516	-0.0029	0.266	-0.0106	-0.0278	0.1291	-0.0154	0.0115	0.1514	0.022	0.1628	-8.3831	-20.4202	75.1739
4	6.0416	-0.2055	1.4876	3.5308	-1.9212	4.0789	-0.3644	0.1526	-0.3706	-0.0599	0.0949	-0.3364	0.3611	0.3374	0.1447	0.1988	-0.0118	0.0387	0.2677	-0.0185	0.2703	5.8676	-6.4124	70.1685
5	0.8409	1.094	-0.7082	2.9691	-1.3631	2.7292	-0.0848	0.0637	-0.1717	-0.3281	-0.0487	-0.1671	0.1662	0.0693	0.1759	0.1432	0.018	0.0128	0.1426	-0.0048	0.1538	-5.2498	-14.8785	71.4209
6	2.9564	1.4682	-0.2786	4.724	2.5757	6.1401	0.0109	-0.2818	0.2679	-0.0277	-0.1615	0.4139	-0.0891	-0.618	0.141	0.1456	0.0409	-0.0463	0.2233	0.0378	0.2554	-18.562	-13.1107	68.939
7	2.5681	-1.1611	1.9889	2.086	-2.0272	4.2284	-0.0225	0.0805	0.1741	0.1378	-0.1343	-0.2873	-0.0733	0.3914	0.1377	0.1582	-0.0122	0.0278	0.1959	-0.0233	0.2389	5.7111	-4.783	74.5372
8	6.7604	-0.68	2.4989	2.1344	0.416	2.9269	0.2037	0.2426	-0.2999	-0.3478	-0.0072	0.0268	0.4806	0.128	-0.1271	0.334	0.0121	0.019	0.2421	-0.0092	0.1725	-11.7901	-14.529	43.285
9	3.2187	0.4803	1.1493	0.5283	0.0436	3.0903	0.0894	-0.3379	-0.0802	0.0417	-0.022	0.0007	0.0011	-0.0611	-0.0687	0.2559	0.014	0.0513	0.1734	-0.0146	0.2102	-11.7346	-9.2797	47.5219
10	0.7486	0.2788	-0.2563	1.3926	-0.0733	2.8176	0.138	0.0794	0.0733	-0.1091	-0.0075	-0.0332	-0.2848	-0.0029	-0.1307	0.3078	0.0159	0.0624	0.1504	-0.0223	0.2021	-6.8	-0.1122	35.3557
11	0.8374	0.4892	-0.2465	1.4892	0.5592	2.5823	-0.0665	0.1232	0.0678	-0.1486	0.0768	0.0523	-0.0899	-0.2011	-0.0116	0.218	0.0166	0.0141	0.2038	0.0314	0.195	-13.9693	-9.1893	31.3029
12	6.0081	2.5711	-0.3505	5.9112	-0.545	6.0565	-0.0869	-0.3298	-0.1367	0.3739	-0.0157	-0.406	0.0093	0.4872	0.0748	0.2203	0.0398	-0.0136	0.2054	-0.0466	0.2149	2.6703	-8.8565	34.2123
13	5.1437	-1.1383	-1.5866	2.0739	0.4082	3.3405	-0.0474	-0.275	0.0444	0.1102	-0.0189	0.3357	0.0989	-0.5046	0.0805	0.2671	-0.0451	-0.019	0.3172	-0.0319	0.2191	-22.8287	-16.7028	32.2781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 20 )	B	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 21 through 33 )	B	21 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 34 through 101 )	B	34 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 102 through 120 )	B	102 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 121 through 164 )	B	121 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 165 through 191 )	B	165 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 192 through 222 )	B	192 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 2 through 20 )	A	2 - 20
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 21 through 50 )	A	21 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 51 through 102 )	A	51 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 103 through 164 )	A	103 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 165 through 192 )	A	165 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 193 through 222 )	A	193 - 222

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)