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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kbs | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of yedK in complex with ssDNA | ||||||||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA repair. abasic site. | ||||||||||||
Function / homology | ![]() : / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, N. / Bao, H. / Huang, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular basis of abasic site sensing in single-stranded DNA by the SRAP domain of E. coli yedK. Authors: Wang, N. / Bao, H. / Chen, L. / Liu, Y. / Li, Y. / Wu, B. / Huang, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 126 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 92.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kbuSC ![]() 6kbxC ![]() 6kbzC ![]() 6kcqC ![]() 6kijC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 25606.893 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: yedK, C4J69_22885, ECTO6_01993, EFV06_12905, EFV16_12155, SAMEA3472108_01185, SAMEA3752559_04370 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A2S5ZH06, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) |
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#2: DNA chain | Mass: 3035.990 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / Details: 0.1 M Citric pH 4.0, 3% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 8, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→40 Å / Num. obs: 32253 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.479 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 214311 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KBU Resolution: 1.601→37.757 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 20.22
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.6 Å2 / Biso mean: 28.2673 Å2 / Biso min: 10.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.601→37.757 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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