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- PDB-5je0: Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenos... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5je0 | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Burkholderia glumae ToxA with bound S-adenosylhomocysteine (SAH) and 1,6-didemethyltoxoflavin | ||||||||||||||||||
![]() | Methyl transferase | ||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / N-methyltransferase / S-adenosylmethionine (SAM) / Substrate / Complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / pyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(6H,8H)-dione / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Burkholderia glumae ToxA Is a Dual-Specificity Methyltransferase That Catalyzes the Last Two Steps of Toxoflavin Biosynthesis. Authors: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 226 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 181 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 984 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 986.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jdyC ![]() 5jdzC ![]() 5je1C ![]() 5je2C ![]() 5je3C ![]() 5je4C ![]() 5je5C ![]() 5je6C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27819.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.47 % / Description: Plate |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 18 - 23% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 , 100 mM Tris, pH 6.1 - 6.8, 6 mM SAH, and 10 mM 1,6-didemethyltoxoflavin PH range: 6.1 - 6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9759 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→17.7 Å / Num. obs: 76116 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Burkholderia glumae ToxA Resolution: 1.552→17.7 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.552→17.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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