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- PDB-5j8y: Crystal structure of the Scm-SAM and Sfmbt-SAM heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8y
タイトルCrystal structure of the Scm-SAM and Sfmbt-SAM heterodimer
要素
  • Polycomb protein Scm
  • Polycomb protein Sfmbt
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PRC1 PhoRC SAM domain Polycom Response Element / Drosophila / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / follicle cell of egg chamber stalk formation / imaginal disc growth ...PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / follicle cell of egg chamber stalk formation / imaginal disc growth / SUMOylation of chromatin organization proteins / compound eye development / ventral cord development / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / negative regulation of growth / PcG protein complex / anterior/posterior axis specification / oogenesis / : / neurogenesis / axonogenesis / heterochromatin formation / histone binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain ...Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein Scm / Polycomb protein Sfmbt
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Frey, F. / Benda, C. / Mueller, J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1064 ドイツ
European Union277899 ドイツ
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of PRC1 targeting to Polycomb response elements by PhoRC.
著者: Frey, F. / Sheahan, T. / Finkl, K. / Stoehr, G. / Mann, M. / Benda, C. / Muller, J.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein Scm
B: Polycomb protein Scm
C: Polycomb protein Sfmbt
D: Polycomb protein Sfmbt


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0844
ポリマ－38,0844
非ポリマー00
水2,792155
1
A: Polycomb protein Scm
C: Polycomb protein Sfmbt


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0422
ポリマ－19,0422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein Scm
D: Polycomb protein Sfmbt


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0422
ポリマ－19,0422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.956, 53.970, 61.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein Scm / Sex comb on midleg protein


分子量: 9054.437 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 803-877 / 変異: L855E, L859E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Scm, CG9495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9VHA0
#2: タンパク質 Polycomb protein Sfmbt / Scm-like with four MBT domain-containing protein 1 / dSfmbt


分子量: 9987.613 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1137-1220 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sfmbt, CG16975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9VK33
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M Tris/HCl pH 7.5, 4% MPD, 0.2M ammonium acetate, 32.5% PEG3350
PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→47.17 Å / Num. obs: 21180 / % possible obs: 96.93 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 11.21
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 6.99 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 83.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1678精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1pk1

1pk1


解像度: 1.98→47.17 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.37
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 2049 5.01 %random
Rwork0.2546 ---
obs0.2558 21180 96.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2334 0 0 155 2489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7063172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.287904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9745-2.02050.4431950.43551792X-RAY DIFFRACTION68
2.0205-2.0710.39611400.34692660X-RAY DIFFRACTION97
2.071-2.1270.31971380.30482595X-RAY DIFFRACTION97
2.127-2.18960.30161370.30072633X-RAY DIFFRACTION97
2.1896-2.26020.31321380.27862641X-RAY DIFFRACTION98
2.2602-2.3410.26871400.26962649X-RAY DIFFRACTION97
2.341-2.43470.29751370.27872623X-RAY DIFFRACTION98
2.4347-2.54550.34661370.27392608X-RAY DIFFRACTION98
2.5455-2.67970.28751420.262668X-RAY DIFFRACTION98
2.6797-2.84760.27451430.26272675X-RAY DIFFRACTION98
2.8476-3.06740.26221400.26672661X-RAY DIFFRACTION99
3.0674-3.37610.29751400.24442655X-RAY DIFFRACTION98
3.3761-3.86440.24691420.2212660X-RAY DIFFRACTION99
3.8644-4.86790.23511390.20622658X-RAY DIFFRACTION99
4.8679-47.18470.23181410.23662655X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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