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万見
- PDB-6tp9: c-type cytochrome NirC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tp9
タイトルc-type cytochrome NirC
要素Cytochrome c55X
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome / 3D domain swapping / heme d1 biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c55X
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Henke, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2223/1 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of the heme d1biosynthesis-associated small c-type cytochrome NirC reveals mixed oligomeric states in crystallo.
著者: Klunemann, T. / Henke, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c55X
B: Cytochrome c55X
C: Cytochrome c55X
D: Cytochrome c55X
E: Cytochrome c55X
F: Cytochrome c55X
G: Cytochrome c55X
H: Cytochrome c55X
J: Cytochrome c55X
K: Cytochrome c55X
I: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,69422
ポリマ－107,89011
非ポリマー6,80411
水2,774154
1
A: Cytochrome c55X
C: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8534
ポリマ－19,6162
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome c55X
F: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8534
ポリマ－19,6162
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
3
D: Cytochrome c55X
J: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8534
ポリマ－19,6162
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area8670 Å2
手法PISA
4
E: Cytochrome c55X
K: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8534
ポリマ－19,6162
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
5
G: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4272
ポリマ－9,8081
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4920 Å2
手法PISA
6
H: Cytochrome c55X
I: Cytochrome c55X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8534
ポリマ－19,6162
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.017, 81.366, 198.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c55X


分子量: 9808.213 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: nirC, PA0517 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51479
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 15.3%(v/v) Glycerol 100mM MES pH6.3 10.8% (w/v) PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.188→99.16 Å / Num. obs: 35413 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.188→2.469 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1772 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.416

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-3707精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
CRANK2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→56.31 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1746 4.93 %
Rwork0.2105 --
obs0.2123 35405 53.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 35.2689 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6879 0 803 154 7836
Biso mean--29.05 29.09 -
残基数----924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.19-2.250.755690.3885931022
2.25-2.320.3045200.36693073276
2.32-2.410.2916290.303467370213
2.41-2.50.3406440.29971007105119
2.5-2.620.2908710.2831379145027
2.62-2.760.27651170.26731992210939
2.76-2.930.31641240.26322720284452
2.93-3.150.31022320.2524176440880
3.15-3.470.29442710.22755177544899
3.47-3.970.22632940.19452465540100
3.97-5.010.19192510.168853475598100
5.01-56.310.22032840.19955425826100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.872 Å / Origin y: 8.3386 Å / Origin z: 153.6707 Å
111213212223313233
T0.0212 Å2-0.03 Å20.0179 Å2-0.0252 Å20.0136 Å2--0.0348 Å2
L0.044 °20.0127 °20.0388 °2-0.1623 °20.158 °2--0.2221 °2
S0.0245 Å °-0.0008 Å °-0.0202 Å °0.0268 Å °-0.0251 Å °-0.0041 Å °0.0371 Å °-0.017 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1allA101
3X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 88
4X-RAY DIFFRACTION1allB101
5X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 88
6X-RAY DIFFRACTION1allC101
7X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 83
8X-RAY DIFFRACTION1allD101
9X-RAY DIFFRACTION1allE4 - 88
10X-RAY DIFFRACTION1allE101
11X-RAY DIFFRACTION1allF4 - 88
12X-RAY DIFFRACTION1allF101
13X-RAY DIFFRACTION1allG4 - 88
14X-RAY DIFFRACTION1allG101
15X-RAY DIFFRACTION1allH4 - 84
16X-RAY DIFFRACTION1allH101
17X-RAY DIFFRACTION1allJ4 - 88
18X-RAY DIFFRACTION1allJ101
19X-RAY DIFFRACTION1allK4 - 88
20X-RAY DIFFRACTION1allK101
21X-RAY DIFFRACTION1allI4 - 88
22X-RAY DIFFRACTION1allI101
23X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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