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- PDB-2b5s: Crystal structure of peach Pru p3, the prototypic member of the f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5s
タイトルCrystal structure of peach Pru p3, the prototypic member of the family of plant non-specific lipid transfer protein pan-allergens
要素Non-specific lipid transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT / non-specific lipid transfer protein / ns-ltp / food allergen
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / HEPTANE / Non-specific lipid-transfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Prunus persica (ハナモモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Folloni, S. / Cianci, M. / Pantano, S. / Helliwell, R.J. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Peach Pru p 3, the Prototypic Member of the Family of Plant Non-specific Lipid Transfer Protein Pan-allergens
著者: Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Folloni, S. / Cianci, M. / Pantano, S. / Helliwell, J.R. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: High-resolution crystal structure of the non-specific lipid-transfer protein from maize seedling
著者: Shin, D.H. / Lee, J.Y. / Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Suk, S.W.
#2: ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2003
タイトル: Identification of IgE-binding epitopes of the major peach allergen Pru p 3
著者: Garcia-Casado, G. / Pacios, F.L. / Diaz-Perales, A. / Sanchez-Monge, R. / Lombardero, M. / Garcia-Selles, J.F. / Polo, F. / Barber, D. / Salcedo, G.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid transfer protein
B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1626
ポリマ－18,5652
非ポリマー5974
水2,666148
1
A: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5833
ポリマ－9,2831
非ポリマー3012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5793
ポリマ－9,2831
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子

A: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子

B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子

B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,32512
ポリマ－37,1314
非ポリマー1,1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area8020 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
4
A: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子

B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1626
ポリマ－18,5652
非ポリマー5974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area2910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
5
B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子

B: Non-specific lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1586
ポリマ－18,5652
非ポリマー5934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-5/61
Buried area1040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.352, 102.352, 74.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid transfer protein


分子量: 9282.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Prunus persica (ハナモモ) / 遺伝子: LTP / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Origami (DE3) / 参照: UniProt: P81402
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulphate 2.3 M, Sodium acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.957 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月22日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→44.32 Å / Num. obs: 10082 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 976 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2ALG

2alg


解像度: 2.35→44.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1741035.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 728 7.3 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 10001 99.9 %-
all-10019 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.5397 Å2 / ksol: 0.350052 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.89 Å21.05 Å20 Å2
2---3.89 Å20 Å2
3---7.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 0 40 148 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 110 6.8 %
Rwork0.229 1509 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ligand_tot.paramligand_tot.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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