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万見
- PDB-5k4f: CAL PDZ mutant C319A with a peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k4f
タイトルCAL PDZ mutant C319A with a peptide
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • HPV18E6 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / CAL PDZ mutant / C319A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / molecular sequestering activity ...negative regulation of anion channel activity / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / molecular sequestering activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / PDZ domain binding / protein transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / transmembrane transporter binding / host cell cytoplasm / postsynaptic density / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / Golgi membrane / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / DNA-templated transcription / host cell nucleus / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Zhao, Y. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK101541 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CAL PDZ domain mutant with a peptide
著者: Zhao, Y. / Madden, D.R.
履歴
登録2016年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: HPV18E6 peptide
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: HPV18E6 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3344
ポリマ－21,3344
非ポリマー00
水2,576143
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: HPV18E6 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6672
ポリマ－10,6672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: HPV18E6 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6672
ポリマ－10,6672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.730, 48.276, 51.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / CFTR-associated ligand / Fused in glioblastoma / PDZ protein interacting specifically with TC10 / PIST


分子量: 9321.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 284-370 / 変異: C319A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド HPV18E6 peptide


分子量: 1345.554 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 149-158 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
参照: UniProt: P06463
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 31% PEG3350, 125mM NaCl, 0.1M Tris7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→18.791 Å / Num. obs: 33527 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 4.26 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.23
反射 シェル解像度: 1.36→1.46 Å / 冗長度: 4.26 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDS20151015データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+34 / 解像度: 1.36→18.791 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 1700 5.07 %
Rwork0.1536 --
obs0.1552 33527 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→18.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 0 143 1545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8792254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.214643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.40.25541700.21132578X-RAY DIFFRACTION99
1.4-1.44520.2381850.18472701X-RAY DIFFRACTION99
1.4452-1.49680.2411700.16732643X-RAY DIFFRACTION99
1.4968-1.55670.19851700.15392610X-RAY DIFFRACTION99
1.5567-1.62750.1989850.14472720X-RAY DIFFRACTION100
1.6275-1.71330.18141700.14252624X-RAY DIFFRACTION100
1.7133-1.82060.20451700.13922643X-RAY DIFFRACTION100
1.8206-1.9610.1674850.13952696X-RAY DIFFRACTION100
1.961-2.15810.1871700.13532652X-RAY DIFFRACTION100
2.1581-2.46980.18981700.14882625X-RAY DIFFRACTION100
2.4698-3.10940.1791850.16142738X-RAY DIFFRACTION100
3.1094-18.79280.16561700.15832597X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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