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- PDB-1pk1: Hetero SAM domain structure of Ph and Scm. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pk1
タイトルHetero SAM domain structure of Ph and Scm.
要素
  • Polyhomeotic-proximal chromatin protein
  • Sex comb on midleg CG9495-PA
キーワードtranscription repression / Hetero SAM domain / polymers / transcriptional repression
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / response to ecdysone / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle ...PRC1 complex binding / germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / response to ecdysone / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / follicle cell of egg chamber stalk formation / DNA topoisomerase binding / compound eye development / ventral cord development / Oxidative Stress Induced Senescence / PRC1 complex / polytene chromosome / negative regulation of growth / anterior/posterior axis specification / central nervous system neuron development / mitotic sister chromatid segregation / neurogenesis / axonogenesis / heterochromatin formation / protein-folding chaperone binding / histone binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. ...: / Zinc finger, MYM-type / MYM-type Zinc finger with FCS sequence motif / : / SLED domain / SLED domain superfamily / SLED domain / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyhomeotic-proximal chromatin protein / Polycomb protein Scm
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, C.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Kim, W. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2005
タイトル: Structural organization of a Sex-comb-on-midleg/polyhomeotic copolymer.
著者: Kim, C.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Kim, W. / Bowie, J.U.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhomeotic-proximal chromatin protein
B: Sex comb on midleg CG9495-PA
C: Polyhomeotic-proximal chromatin protein
D: Sex comb on midleg CG9495-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4594
ポリマ-41,4594
非ポリマー00
3,477193
1
A: Polyhomeotic-proximal chromatin protein
B: Sex comb on midleg CG9495-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7292
ポリマ-20,7292
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Polyhomeotic-proximal chromatin protein
D: Sex comb on midleg CG9495-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7292
ポリマ-20,7292
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.277, 46.866, 123.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Polyhomeotic-proximal chromatin protein


分子量: 10319.454 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 1502-1577, Ph SAM domain / 変異: L1565R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: PH-P / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P39769
#2: タンパク質 Sex comb on midleg CG9495-PA


分子量: 10409.959 Da / 分子数: 2 / 断片: residue 795-871, Scm SAM domain / 変異: L841R, M846R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sex Comb on Midleg / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9VHA0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 1000, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11281
21281
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9795, 0.9797, 0.9720, 1.70
シンクロトロンALS 5.0.220.97
検出器
ID検出器日付
1CCD2002年2月11日
2CCD2002年2月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.9721
41.71
50.971
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 28975 / Num. obs: 28975 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rsym value: 0.029
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 881826.83 / Data cutoff high rms absF: 881826.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1420 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 28958 89.4 %-
all-28958 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.1946 Å2 / ksol: 0.470812 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å2-2.48 Å2
2--3.3 Å20 Å2
3----4.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å-0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 0 193 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.42.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 118 5.2 %
Rwork0.262 4056 -
obs-2336 73 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3&_1_TOPOLOGY_INFILE_3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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