PDB-6am3: Regulator of G protein signaling (RGS) 17 in complex with Ca2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6am3

タイトル

Regulator of G protein signaling (RGS) 17 in complex with Ca2+

要素

Regulator of G-protein signaling 17

キーワード

SIGNALING PROTEIN / G protein / regulator / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of signal transduction / response to amphetamine / GTPase activator activity / G alpha (z) signalling events / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Sieng, M. / Lyon, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: High-resolution structure of RGS17 suggests a role for Ca2+in promoting the GTPase-activating protein activity by RZ subfamily members.
著者: Sieng, M. / Hayes, M.P. / O'Brien, J.B. / Andrew Fowler, C. / Houtman, J.C. / Roman, D.L. / Lyon, A.M.

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6am3.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6am3.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6am3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6am3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6am3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zv4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2k1r-d 3d6l-d 3kep-2 3kep-1 1gak-d 2jm5-d 5r4w-d 7b10-d 6uxm-3 5kp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

X: Regulator of G-protein signaling 17

A: Regulator of G-protein signaling 17

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Regulator of G-protein signaling 17

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Regulator of G-protein signaling 17

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.571, 59.295, 65.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	X
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 72 - 202 / Label seq-ID: 3 - 133

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	X	A
2	A	B

#1: タンパク質	Regulator of G-protein signaling 17 / RGS17 分子量: 16255.423 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 72-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS17, RGSZ2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGC6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M MES, pH 6.0, 22% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 115 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.078 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 39255 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 0.749 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 190012

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.53-1.56	1.7	0.665	921	0.58	0.517	0.846	5.158	41.4
1.56-1.58	1.8	0.543	1187	0.561	0.437	0.7	0.392	52.6
1.58-1.62	2	0.555	1378	0.643	0.412	0.696	0.444	62.4
1.62-1.65	2.2	0.606	1553	0.62	0.411	0.738	0.422	69.3
1.65-1.68	2.4	0.654	1763	0.661	0.423	0.785	0.398	79.7
1.68-1.72	2.7	0.768	1961	0.117	0.483	0.914	0.748	86.8
1.72-1.77	3.3	0.652	2069	0.755	0.365	0.753	0.416	93.7
1.77-1.81	3.9	0.594	2145	0.823	0.312	0.674	0.429	96.8
1.81-1.87	4.5	0.574	2218	0.85	0.283	0.643	0.439	97.7
1.87-1.93	5.1	0.504	2167	0.871	0.239	0.56	0.462	97.7
1.93-2	5.1	0.405	2144	0.916	0.192	0.45	0.507	95.6
2-2.08	4.9	0.316	2065	0.922	0.158	0.355	0.544	92.2
2.08-2.17	6.2	0.256	2197	0.968	0.112	0.28	0.547	98.6
2.17-2.29	6.4	0.221	2211	0.978	0.095	0.241	0.626	98.7
2.29-2.43	6.3	0.166	2214	0.982	0.072	0.182	0.632	98.5
2.43-2.62	6.3	0.135	2227	0.989	0.059	0.147	0.685	98.5
2.62-2.88	6.4	0.142	2190	0.992	0.06	0.155	0.893	98.2
2.88-3.3	6.4	0.082	2231	0.995	0.035	0.089	0.913	97.9
3.3-4.15	6.1	0.062	2093	0.996	0.027	0.068	1.319	92.9
4.15-50	7.2	0.056	2321	0.997	0.022	0.06	1.298	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZV4

1zv4

解像度: 1.53→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.698 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.097
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	1938	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2033	-	-	-
obs	0.2043	37292	87.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.81 Å² / B_iso mean: 17.441 Å² / B_iso min: 9.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0.58 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.53→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2237	0	40	293	2570
B_iso mean	-	-	37.24	28.15	-
残基数	-	-	-	-	267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.973	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.498	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.028	24.331	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.04	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.757	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	488

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9392 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	X
2	A

LS精密化シェル

解像度: 1.533→1.573 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	77	-
R_work	0.305	1430	-
all	-	1507	-
obs	-	-	46.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6383	0.2918	0.7773	1.8064	1.3269	2.7618	0.0355	-0.036	-0.026	-0.0074	0.0228	-0.0803	0.1071	0.0529	-0.0584	0.154	0.0057	-0.0233	0.0083	0.0022	0.0129	-8.944	2.0622	-20.8145
2	1.2041	-0.8017	-0.9354	1.912	1.1614	1.9198	0.0628	0.0255	0.0568	0.002	0.0133	-0.1003	-0.04	0.078	-0.0761	0.1684	-0.0113	-0.0438	0.0097	0.0027	0.0179	-11.3409	-21.6622	-8.5247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	72 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 203

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関連情報:EMDBヘッダ

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