ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | 0.7.4データスケーリング | REFMAC | 5.8.0258精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6T1L 解像度: 1.92→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.586 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.1627 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2094 | 491 | 4.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1739 | - | - | - |
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obs | 0.1754 | 11254 | 98.84 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 83.28 Å2 / Biso mean: 39.477 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.52 Å2 | -0 Å2 | -0.21 Å2 |
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2- | - | 1.47 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.67 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→43.2 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1181 | 0 | 98 | 63 | 1342 |
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Biso mean | - | - | 47.05 | 44.24 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 142 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.015 | 0.013 | 1313 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 1228 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.572 | 1.667 | 1757 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.232 | 1.626 | 2845 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.897 | 5 | 143 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg28.332 | 21.111 | 72 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.33 | 15 | 212 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg22.661 | 15 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.076 | 0.2 | 148 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.012 | 0.02 | 1592 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 294 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.289 | 44 | - |
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Rwork | 0.239 | 825 | - |
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all | - | 869 | - |
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obs | - | - | 98.86 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.1374 Å / Origin y: 12.0201 Å / Origin z: 22.4264 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0265 Å2 | 0.0099 Å2 | -0.0222 Å2 | - | 0.0084 Å2 | -0.0025 Å2 | - | - | 0.0373 Å2 |
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L | 0.5987 °2 | -0.4921 °2 | -0.0514 °2 | - | 1.8057 °2 | -0.875 °2 | - | - | 1.4762 °2 |
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S | -0.0549 Å ° | -0.0368 Å ° | 0.0355 Å ° | 0.0288 Å ° | 0.1018 Å ° | 0.0884 Å ° | 0.0803 Å ° | -0.0214 Å ° | -0.0469 Å ° |
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