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- PDB-5j3p: Crystal structure of the catalytic domain of human tyrosyl DNA ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3p
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human tyrosyl DNA phosphodiesterase 2
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードHYDROLASE / tyrosyl / DNA phosphodiesterase 2 / catalytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / aggresome / neuron development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / PML body / transcription corepressor activity / double-strand break repair ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / aggresome / neuron development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / PML body / transcription corepressor activity / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UBA-like domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / UBA-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hornyak, P. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
Cancer Research UKC6563/A16771 英国
Cancer Research UKC480/A11411 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Mode of action of DNA-competitive small molecule inhibitors of tyrosyl DNA phosphodiesterase 2.
著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S. ...著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S.E. / Atack, J.R. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7895
ポリマ－57,6492
非ポリマー1413
水1086
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8492
ポリマ－28,8241
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9413
ポリマ－28,8241
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.545, 92.545, 119.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / hTDP2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ETS1-associated protein 2 ...hTDP2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ETS1-associated protein 2 / ETS1-associated protein II / EAPII / TRAF and TNF receptor-associated protein / Tyrosyl-RNA phosphodiesterase / VPg unlinkase


分子量: 28824.314 Da / 分子数: 2 / 変異: C273Ser / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP2, EAP2, TTRAP, AD-022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B832(DE3)
参照: UniProt: O95551, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0, 0.5 M NaCl, 0.05 M magnesium acetate, 1.5% v/v Trimethylamine N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.793 Å / Num. obs: 20418 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GYZ

4gyz


解像度: 3.1→47.793 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 35.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 970 4.75 %
Rwork0.2557 --
obs0.2575 20418 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3547 0 8 6 3561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4774944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1072140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1001-3.26360.399704.750.35277798
3.2636-3.4680.411390.34270497
3.468-3.73560.31871270.304279598
3.7356-4.11140.30751460.2623278299
4.1114-4.70590.26481310.22062824100
4.7059-5.92710.25421620.2309276099
5.9271-47.790.26361280.2285280699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0858-0.0164-0.10370.03190.02760.1303-0.1583-0.16970.02970.09570.22130.00190.0574-0.0744-0.03481.216-0.19240.00221.0641-0.01310.2033-50.552430.5178-14.6714
20.25040.0055-0.13520.0757-0.03730.1002-0.0143-0.1549-0.12490.1120.06040.05860.6322-0.16880.37881.3293-0.30220.08581.023-0.06150.1623-44.563616.6335-21.9635
31.5430.55351.04630.65440.14791.97-0.2684-0.15190.27350.00090.22390.0751-0.2219-0.2893-0.21621.0358-0.00190.0231.0166-0.05750.2383-40.278932.2936-24.4525
40.64720.3833-0.84350.3665-0.19451.7210.1763-0.0017-0.1705-0.0164-0.1557-0.13450.78280.0276-0.14781.14180.4047-0.07450.91950.06650.3384-13.141426.2426-16.5877
50.6201-0.38620.06810.67520.07410.0388-0.1358-0.1742-0.0830.27410.15680.1310.06820.0196-0.48490.7230.48270.0360.70350.05590.3375-18.842531.9842-18.2832
60.2909-0.11850.1880.1359-0.07360.1218-0.03640.0090.04520.0253-0.0473-0.00230.0050.0531-0.93180.68210.4391-0.0110.59240.00090.2211-11.400531.6038-11.9789
71.22510.653-0.30320.7786-0.2432.72520.2586-0.1328-0.20380.0785-0.2842-0.23710.39310.97310.04971.10620.4806-0.03111.2776-0.02340.4587-8.565728.8714-4.5461
81.05861.6054-0.00092.4338-0.02672.18620.0616-0.2264-0.2585-0.17260.1524-0.45690.79180.38270.25751.30310.66290.19731.21320.21510.5871-0.093921.7258-7.0037
90.6324-0.31250.27741.5676-0.69960.6297-0.1949-0.2359-0.00980.44010.18790.1983-0.0464-0.0949-0.55121.21480.59120.20870.90040.27660.6915-6.465117.732-6.4545
102.0045-1.09650.74592.0654-0.30230.2850.26130.1051-0.2064-0.04290.0909-0.12860.24480.14671.49441.12450.7266-0.07541.40420.18261.08172.36812.1864-9.5797
111.31-0.65520.61792.392-0.33940.39660.0767-0.2137-0.36530.1154-0.077-0.32550.08660.12670.70610.84520.4721-0.05040.68210.23310.6966-7.193913.5007-1.7703
120.12910.2548-0.03860.54230.02320.25480.02150.0775-0.1347-0.263-0.0898-0.359-0.0557-0.00330.2461.9550.86590.06191.08830.03760.7408-6.84246.7351-13.9858
130.1229-0.0481-0.02480.0669-0.08210.18690.01850.0242-0.058-0.1680.00440.03970.01970.0210.43222.19810.6044-0.11480.7655-0.01240.6013-13.89614.6962-25.6419
140.0171-0.088-0.00960.4586-0.12060.44320.03270.0729-0.0093-0.0384-0.0827-0.01790.11750.1079-0.97591.41170.73040.10290.94750.02730.4466-16.872113.3026-10.831
150.78250.01460.42790.32260.46780.89160.1016-0.1272-0.18170.1378-0.12070.04890.4486-0.0397-0.75461.10430.3814-0.01220.5350.06470.2226-18.284323.4831-20.178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 112 through 164 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 165 through 282 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 283 through 361 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 112 through 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 129 through 143 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 144 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 165 through 198 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 199 through 215 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 216 through 234 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 235 through 249 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 250 through 262 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 263 through 286 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 287 through 315 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 316 through 337 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 338 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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