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- PDB-4eyz: Crystal structure of an uncommon cellulosome-related protein modu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eyz | ||||||
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Title | Crystal structure of an uncommon cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases | ||||||
![]() | Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases | ||||||
![]() | HYDROLASE / Putative protease | ||||||
Function / homology | Cellulosome-related protein module from Ruminococcus flavefaciens that resembles papain-like cysteine peptidases![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frolow, F. / Voronov-Goldman, M. / Bayer, E. / Lamed, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of an Uncommon Cellulosome-Related Protein Module from Ruminococcus flavefaciens That Resembles Papain-Like Cysteine Peptidases. Authors: Levy-Assaraf, M. / Voronov-Goldman, M. / Rozman Grinberg, I. / Weiserman, G. / Shimon, L.J. / Jindou, S. / Borovok, I. / White, B.A. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 315 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 275.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27434.309 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 0.2M ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS and 25% w/v polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 37.5 / Number: 715274 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.94 / D res high: 1.38 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 97755 / % possible obs: 95.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.38→50 Å / Num. obs: 182049 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.123 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.383→38.935 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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