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- PDB-5j3z: Crystal structure of m2hTDP2-CAT in complex with a small molecule... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3z
タイトルCrystal structure of m2hTDP2-CAT in complex with a small molecule inhibitor
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードHYDROLASE / tyrosyl DNA phosphodiesterase 2 catalytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / nucleolus / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6FQ / ACETATE ION / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hornyak, P. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
Cancer Research UKC6563/A16771 英国
Cancer Research UKC480/A11411 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Mode of action of DNA-competitive small molecule inhibitors of tyrosyl DNA phosphodiesterase 2.
著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S. ...著者: Hornyak, P. / Askwith, T. / Walker, S. / Komulainen, E. / Paradowski, M. / Pennicott, L.E. / Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Raoof, A. / Watson, M. / Jordan, A.M. / Ogilvie, D.J. / Ward, S.E. / Atack, J.R. / Pearl, L.H. / Caldecott, K.W. / Oliver, A.W.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,01931
ポリマ－57,5522
非ポリマー2,46729
水10,881604
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,10917
ポリマ－28,7761
非ポリマー1,33316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91014
ポリマ－28,7761
非ポリマー1,13413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.010, 42.800, 108.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ...Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / TRAF and TNF receptor-associated protein


分子量: 28776.164 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 118-370 / 変異: E242G, Q278R, Y321C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdp2, Ttrap / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
参照: UniProt: Q9JJX7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

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非ポリマー , 6種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-6FQ / 2,4-dioxo-10-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-2,3,4,10-tetrahydropyrimido[4,5-b]quinoline-8-carbonitrile


分子量: 382.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H10N8O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 0.3% v/v DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.8 Å / Num. obs: 51393 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 21.69 Å2 / CC1/2: 0.87 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GYZ

4gyz


解像度: 1.8→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9516 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9338 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2611 5.08 %RANDOM
Rwork0.1726 ---
obs0.174 51379 97.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9739 Å20 Å2-2.6923 Å2
2---0.2711 Å20 Å2
3----2.7028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3992 0 168 604 4764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.985774HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes713HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion546SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies20HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5678SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 149 4.79 %
Rwork0.2192 2964 -
all0.2208 3113 -
obs--80.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13280.08310.10630.9773-0.06830.6464-0.0039-0.07360.01880.026-0.0017-0.03010.03060.09310.0056-0.06430.00950.0065-0.05130.004-0.0227-12.7288-6.6721-47.9553
21.3285-0.0110.14891.1585-0.38350.643-0.0029-0.0645-0.0777-0.01990.0196-0.09240.0271-0.0309-0.0167-0.0747-0.005-0.0066-0.0441-0.0184-0.026-16.4959-6.3087-4.9932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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