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- PDB-4y7t: Structural analysis of MurU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y7t
タイトルStructural analysis of MurU
要素Nucleotidyl transferase
キーワードTRANSFERASE / Nucleotidyltransferase family protein / uridyltransferase / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyl-alpha-D-muramate 1-phosphate uridylyltransferase / N-acetylmuramic acid metabolic process / uridylyltransferase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding / UTP binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-acetylmuramate alpha-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Renner-Schneck, M.G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the N-Acetylmuramic Acid alpha-1-Phosphate (MurNAc-alpha 1-P) Uridylyltransferase MurU, a Minimal Sugar Nucleotidyltransferase and Potential Drug Target Enzyme in ...タイトル: Crystal Structure of the N-Acetylmuramic Acid alpha-1-Phosphate (MurNAc-alpha 1-P) Uridylyltransferase MurU, a Minimal Sugar Nucleotidyltransferase and Potential Drug Target Enzyme in Gram-negative Pathogens.
著者: Renner-Schneck, M. / Hinderberger, I. / Gisin, J. / Exner, T. / Mayer, C. / Stehle, T.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4827
ポリマ－24,9131
非ポリマー5686
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.610, 72.610, 158.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Nucleotidyl transferase / MurU


分子量: 24913.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: BIRD-1 / 遺伝子: PPUBIRD1_0444 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4RE40, UniProt: Q88QT2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: (NH4)2SO4, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 93.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23700 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 13.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.8→40.446 Å / FOM work R set: 0.7264 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2455 1185 5 %Random selection
Rwork0.2114 22503 --
obs0.2132 23688 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.65 Å2 / Biso mean: 47.26 Å2 / Biso min: 24.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 0 62 80 1755
Biso mean--64.66 49.96 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5262405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.15652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8820.36491430.3192717286099
1.882-1.98120.35351450.296927562901100
1.9812-2.10530.38091450.318427492894100
2.1053-2.26780.3071460.25127732919100
2.2678-2.4960.25351460.232427842930100
2.496-2.85710.28381480.249428132961100
2.8571-3.59930.26441510.216528543005100
3.5993-40.45650.19161610.168430573218100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0413-0.99940.29652.8321-0.47162.39030.09040.0342-0.1942-0.0477-0.00470.3363-0.0019-0.2403-0.09170.2430.025-0.03260.38510.02670.31499.348531.078-0.4944
24.26772.11490.76152.8501-0.07283.38760.1494-0.0067-0.0314-0.0812-0.1141-0.04790.2111-0.1917-0.05310.25130.0206-0.02120.320.01890.330119.395627.50479.1526
36.02151.43880.14954.9133-1.27873.22230.2668-0.64610.24670.5948-0.2518-0.1869-0.26020.1066-0.04410.3225-0.0175-0.02060.39820.00550.246926.754131.825917.1293
43.28-3.13283.50034.7379-0.98316.9830.3683-1.1501-0.15810.3627-0.21380.60680.1949-1.1983-0.03350.3979-0.1044-0.02180.7030.03890.387616.143427.051622.6646
54.0964-0.61661.3342.63730.61232.5693-0.02850.4330.6273-0.1841-0.2399-0.2423-0.69940.35180.23320.3706-0.0335-0.00660.38610.08990.332324.312740.45352.9413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:79)A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 80:133)A80 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 139:171)A139 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 172:191)A172 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 192:224)A192 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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