PDB-5j25: Endothiapepsin in complex with fragment 158

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j25

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 158

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2017年4月5日	ID: 4Y4C
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j25.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j25.ent.gz	157.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j25_validation.pdf.gz	954.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j25_full_validation.pdf.gz	954.6 KB	表示
XML形式データ	5j25_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5j25_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 3pcwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p5f-d 5rdu-d 5rdo-d 5oyy-d 4y47-d 5p3c-d 5r41-d 4y5g-d 5oyu-d 5p4n-d 5p0a-d 5p7w-d 5p25-d 5ozy-d 5p6j-d 3pbz-d 3pi0-d 5rdv-d 5p2r-d 5dr3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.291, 72.856, 52.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-47K / 2-(4-methylpiperidin-1-yl)-N-[3-(propan-2-yl)-1,2-oxazol-5-yl]acetamide 分子量: 265.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₃N₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→42.74 Å / Num. obs: 86046 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.03 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155_1492: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.24→42.74 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1364	4303	5 %	random selection
R_work	0.1166	-	-	-
obs	0.1176	86044	94.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→42.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	42	300	2710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	3484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.681	837
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2398-1.2538	0.1894	103	0.1473	1944	X-RAY DIFFRACTION	67
1.2538-1.2686	0.1972	116	0.1419	2203	X-RAY DIFFRACTION	77
1.2686-1.2841	0.1473	137	0.1372	2615	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2841-1.3003	0.1889	143	0.1293	2722	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3003-1.3174	0.1474	143	0.1216	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3174-1.3355	0.153	142	0.1168	2705	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3355-1.3546	0.1477	143	0.1128	2709	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3546-1.3748	0.137	144	0.1098	2729	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3748-1.3963	0.1262	142	0.1047	2709	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3963-1.4192	0.152	145	0.102	2755	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4192-1.4436	0.1392	140	0.1003	2661	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4436-1.4699	0.1289	148	0.0944	2802	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4699-1.4982	0.1294	145	0.0963	2751	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4982-1.5287	0.1285	144	0.0898	2749	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5287-1.562	0.1183	148	0.0908	2799	X-RAY DIFFRACTION	96
1.562-1.5983	0.1142	143	0.0884	2724	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5983-1.6383	0.1221	147	0.0894	2797	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6383-1.6826	0.1088	145	0.0898	2762	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6826-1.7321	0.1179	145	0.092	2755	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7321-1.788	0.1188	147	0.0953	2780	X-RAY DIFFRACTION	97
1.788-1.8519	0.1071	147	0.0964	2797	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8519-1.9261	0.1132	147	0.0999	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9261-2.0137	0.1209	148	0.0991	2817	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0137-2.1199	0.1212	149	0.1025	2821	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1199-2.2527	0.1195	148	0.1033	2811	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2527-2.4266	0.1199	149	0.1131	2841	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4266-2.6708	0.1313	152	0.1227	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6708-3.0572	0.1495	149	0.1294	2844	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0572-3.8513	0.1494	151	0.1394	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8513-42.7653	0.1705	153	0.157	2890	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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