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万見
- PDB-5iyt: Complex structure of EV-B93 main protease 3C with N-Ethyl 4-((1-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iyt
タイトルComplex structure of EV-B93 main protease 3C with N-Ethyl 4-((1-cycloheptyl-1,2-dihydropyrazol-3-one-5-yl)-amino)-4-oxo-2Z-butenamide
要素EV-B93 main protease 3C
キーワードHYDROLASE / 3C main protease / Enterovirus B93 / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NZN / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus 1
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Kaczmarska, Z. / Becker, D. / Rademann, J. / Coll, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Irreversible inhibitors of the 3C protease of Coxsackie virus through templated assembly of protein-binding fragments.
著者: Becker, D. / Kaczmarska, Z. / Arkona, C. / Schulz, R. / Tauber, C. / Wolber, G. / Hilgenfeld, R. / Coll, M. / Rademann, J.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EV-B93 main protease 3C
B: EV-B93 main protease 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1133
ポリマ－42,7912
非ポリマー3221
水3,279182
1
A: EV-B93 main protease 3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3961
ポリマ－21,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EV-B93 main protease 3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7182
ポリマ－21,3961
非ポリマー3221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.460, 52.330, 62.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EV-B93 main protease 3C


分子量: 21395.512 Da / 分子数: 2 / 変異: M137V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echovirus 1 (strain Human/Egypt/Farouk/1951) (ウイルス)
プラスミド: pDEST / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O91734, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C
#2: 化合物 ChemComp-NZN / N-Ethyl 4-((1-cycloheptyl-1,2-dihydropyrazol-3-one-5-yl)-amino)-4-oxo-butanamide


分子量: 322.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, ammonium acetate, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 36576 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.05
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q3X

3q3x


解像度: 1.73→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.555 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21727 1794 4.9 %RANDOM
Rwork0.18741 ---
obs0.18889 34781 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-0 Å20.14 Å2
2---0.72 Å2-0 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 0 23 182 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.974009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86136600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8545374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26623.75136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35915506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5791520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2042.7211466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1982.721465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0624.0741832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0614.0751833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4593.0231497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4583.0251498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4934.4372172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.06922.7073244
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.94622.53201
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 142 -
Rwork0.282 2486 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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