[日本語] English
万見
- PDB-5itc: 2.2-Angstrom in meso crystal structure of Haloquadratum Walsbyi B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itc
タイトル2.2-Angstrom in meso crystal structure of Haloquadratum Walsbyi Bacteriorhodopsin (HwBR) from Styrene Maleic Acid (SMA) Polymer Nanodiscs
要素Bacteriorhodopsin-I
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bacteriorhodopsin from Haloquadratum walsbyi / lipidic cubic phase / styrene maleic acid (SMA) polymer nanodisc / detergent-free
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Bacteriorhodopsin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Haloquadratum walsbyi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Broecker, J. / Eger, B.T. / Ernst, O.P.
資金援助 カナダ, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Government of CanadaCanada Excellence Research Chair program カナダ
German Research Foundation (DFG)BR 5124/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Crystallogenesis of Membrane Proteins Mediated by Polymer-Bounded Lipid Nanodiscs.
著者: Broecker, J. / Eger, B.T. / Ernst, O.P.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin-I
B: Bacteriorhodopsin-I
C: Bacteriorhodopsin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,37616
ポリマ－87,9573
非ポリマー4,41913
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.715, 61.586, 119.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin-I / HwBR / Squarebop I


分子量: 29318.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloquadratum walsbyi (古細菌) / 株: DSM 16790 / HBSQ001 / 遺伝子: bop1, bopI, HQ_1014A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q18DH8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細RET (retinal) is covalently bound to lysine (K224).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 % / 解説: big, flat hexagonal plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.8
詳細: 1.6 M NH4PO4, 0.1 M NaCl, 0.2 M NaSCN, 0.016% amino acid mix (L-His, L-Leu, L-Ile, L-Trp, L-Tyr, and L-Phe in 0.2 M HEPES Na pH 6.8)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→33.426 Å / Num. obs: 47014 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Net I/av σ(I): 6.3 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.999-2.053.20.693194.5
8.93-33.433.30.157198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QI1

4qi1


解像度: 1.999→33.426 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 2298 4.89 %random
Rwork0.1996 ---
obs0.2016 47014 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→33.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5277 0 310 161 5748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.747861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2172131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9988-2.04220.33521320.25712679X-RAY DIFFRACTION96
2.0422-2.08970.27451440.22822786X-RAY DIFFRACTION100
2.0897-2.1420.27211280.20132807X-RAY DIFFRACTION100
2.142-2.19990.24821280.19692809X-RAY DIFFRACTION100
2.1999-2.26460.23381450.18112757X-RAY DIFFRACTION100
2.2646-2.33770.19961440.17992769X-RAY DIFFRACTION100
2.3377-2.42120.24051720.18262766X-RAY DIFFRACTION100
2.4212-2.51810.22441330.17912791X-RAY DIFFRACTION100
2.5181-2.63270.22991430.17942802X-RAY DIFFRACTION100
2.6327-2.77140.23831310.18272808X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.9450.21821480.19272815X-RAY DIFFRACTION100
2.945-3.17220.24961360.20532800X-RAY DIFFRACTION100
3.1722-3.49110.24591660.19522774X-RAY DIFFRACTION100
3.4911-3.99560.2421480.19962828X-RAY DIFFRACTION100
3.9956-5.03120.22161580.20632819X-RAY DIFFRACTION100
5.0312-33.43050.2431420.21842906X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96560.2135-0.2140.7225-0.07370.9561-0.0358-0.07390.0677-0.0499-0.0441-0.0105-0.3547-0.1582-0.01940.126-0.00520.02510.1596-0.02470.138647.2159-8.6318139.6997
22.1414-0.29480.07060.73270.33940.18530.1720.4141-0.6196-0.4424-0.13960.40820.4801-0.68380.01340.439-0.0765-0.00590.43920.02960.323453.3344-13.6332115.7816
30.48810.1550.35690.07560.10720.26120.02920.0054-0.02470.0214-0.00610.0181-0.0040.034300.16650.0024-0.00440.1848-0.01140.188663.3454-0.9188139.3351
41.12880.5490.24071.07340.09430.3552-0.06430.03340.0183-0.02250.0460.0668-0.1795-0.2068-00.19360.0478-0.02080.2055-0.00790.216654.86714.6097130.1981
51.246-0.63240.45851.11390.0660.28160.02630.11290.0064-0.18840.03080.01280.28830.1507-0.00040.17750.00230.00140.16470.0170.203483.4621-30.8678133.8043
60.2987-0.03690.13790.24120.05080.75660.0334-0.0047-0.0382-0.0327-0.0479-0.06390.0545-0.028700.19080.00480.01040.177-0.00330.173268.2443-22.494139.2892
71.1669-0.1838-0.23341.0349-0.27920.26890.01320.177-0.0444-0.079-0.04520.0175-0.0048-0.0747-0.00030.2004-0.02880.0070.2033-0.01240.21363.6837-31.5873130.0042
80.58190.0157-0.03560.51530.00451.23760.0178-0.1146-0.00520.02130.00910.06830.4150.30470.09330.1740.00360.04480.0981-0.00840.098275.0982-34.5999132.1757
90.85530.2666-0.26671.54230.70770.50260.00540.09860.0321-0.0989-0.09430.05040.1950.008-0.00030.1595-0.02-0.01850.1720.00660.179483.8379.5848132.7509
100.47090.08650.11980.328-0.01480.7488-0.01420.01560.0501-0.03660.0148-0.0050.06810.0197-00.1681-0.0094-0.00040.18140.01190.173284.532-7.5174139.12
110.2976-0.0860.29641.0317-0.61910.5605-0.03680.05380.0262-0.1498-0.1251-0.113-0.00290.2483-0.00010.1721-0.00540.010.22490.00120.212894.6344-7.0658128.3904
120.7332-0.5671-0.0530.92670.35890.2062-0.02190.0304-0.01870.04970.0040.0187-0.20820.37490.00010.1836-0.0590.00160.23860.03380.233891.59574.1483133.0874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 11:39)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 40:48)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 49:154)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 155:238)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 11:47)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 48:154)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 155:209)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 210:238)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 11:47)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 48:154)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 155:207)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 208:238)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る