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Yorodumi- PDB-5ite: 2.2-Angstrom in meso crystal structure of Haloquadratum Walsbyi B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ite | |||||||||
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Title | 2.2-Angstrom in meso crystal structure of Haloquadratum Walsbyi Bacteriorhodopsin (HwBR) from Octylglucoside (OG) Detergent Micelles | |||||||||
Components | Bacteriorhodopsin-I | |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / bacteriorhodopsin from Haloquadratum walsbyi / lipidic cubic phase (LCP) / OG detergent micelle / traditional | |||||||||
Function / homology | Function and homology information photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Haloquadratum walsbyi (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.182 Å | |||||||||
Authors | Broecker, J. / Eger, B.T. / Ernst, O.P. | |||||||||
Funding support | Canada, Germany, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2017 Title: Crystallogenesis of Membrane Proteins Mediated by Polymer-Bounded Lipid Nanodiscs. Authors: Broecker, J. / Eger, B.T. / Ernst, O.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ite.cif.gz | 278.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ite.ent.gz | 227.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ite.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ite_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ite_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 5ite_validation.xml.gz | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ite_validation.cif.gz | 37.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5ite ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/5ite | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5itcC 4qi1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29100.809 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haloquadratum walsbyi (archaea) / Strain: DSM 16790 / HBSQ001 / Gene: bop1, bopI, HQ_1014A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q18DH8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-OLC / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | RET (retinal) is covalently bound to lysine (K224) | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.49 % / Description: small compact, hexagonal plate |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7 / Details: 8% (v/v) Tacsimate, 20% (v/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→47.51 Å / Num. obs: 35898 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.3 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4QI1 Resolution: 2.182→47.506 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.182→47.506 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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