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- PDB-4qi1: Crystal structure of H. walsbyi bacteriorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi1
タイトルCrystal structure of H. walsbyi bacteriorhodopsin
要素Bacteriorhodopsin-I
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bacteriorhodopsin / proton pump / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / RETINAL / Bacteriorhodopsin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Haloquadratum walsbyi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, A.H.J. / Hsu, M.F. / Yang, C.S. / Fu, H.Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Studies of a Newly Grouped Haloquadratum walsbyi Bacteriorhodopsin Reveal the Acid-resistant Light-driven Proton Pumping Activity.
著者: Hsu, M.F. / Fu, H.Y. / Cai, C.J. / Yi, H.P. / Yang, C.S. / Wang, A.H.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin-I
B: Bacteriorhodopsin-I
C: Bacteriorhodopsin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,62516
ポリマ－85,4703
非ポリマー4,15413
水12,935718
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13850 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.697, 61.634, 119.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 11 - 238 / Label seq-ID: 11 - 238

Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
111AA
211BB
122AA
222CC
133BB
233CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin-I / HwBR / Squarebop I


分子量: 28490.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloquadratum walsbyi (古細菌) / 株: DSM 16790 / HBSQ001 / 遺伝子: bop1, bopI, HQ_1014A / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: Q18DH8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: sodium citrate, NaCl, PEG 400, pH 5.5, LIPID CUBIC PHASE, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→107.117 Å / Num. obs: 74113 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→26.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.022 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23738 2354 5 %RANDOM
Rwork0.19722 ---
obs0.19922 44345 78.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5277 0 282 718 6277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.025726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8482.0057751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992313279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4815697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04622.615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50215857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0491527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A141840.09
12B141840.09
21A143840.08
22C143840.08
31B142620.1
32C142620.1
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 134 -
Rwork0.21 2657 -
obs--64.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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