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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5is2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 at pH 6.6 | ||||||
![]() | Phosphoserine phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / HAD family / phosphoserine phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / dephosphorylation / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shree, S. / Ramachandran, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium avium SerB2 (MAV_3907) at pH 6.6 著者: Shree, S. / Ramachandran, R. #1: ![]() タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. 著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 5-400 / 変異: G31R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 104 / 遺伝子: serB, MAV_3907 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % 解説: Mycobacterium avium SerB2 protein was crystallized in presence of its inhibitor rosaniline (a pink color compound) and pink coloured crystals were diffracted, however no density of rosaniline ...解説: Mycobacterium avium SerB2 protein was crystallized in presence of its inhibitor rosaniline (a pink color compound) and pink coloured crystals were diffracted, however no density of rosaniline was found on solving the crystal data. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 22% PEG 8000, 0.1M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M HEPES pH 6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 38932 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 29 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3P96 解像度: 1.881→26.139 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.75 Å2 / Biso mean: 53.9969 Å2 / Biso min: 28.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.881→26.139 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -4.9413 Å / Origin y: -10.7168 Å / Origin z: -38.6808 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |