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- PDB-5jma: Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with se... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jma | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with serine at catalytic (PSP) domain | ||||||
![]() | Phosphoserine phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / HAD family / phosphoserine phosphatase | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / dephosphorylation / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shree, S. / Dubey, S. / Agrawal, A. / Ramachandran, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with serine at catalytic (PSP) domain Authors: Shree, S. / Ramachandran, R. #1: ![]() Title: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment. Authors: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 165.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 129 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 455.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3p96S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41787.820 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 5-400 / Mutation: G31R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 104 / Gene: serB, MAV_3907 / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-SER / | ||
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.33 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 Details: 25% PEG 8000, 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M HEPES pH 6.6, 0.1 - 0.5 M ortho phospho L- serine. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→33.561 Å / Num. obs: 58573 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7.7 % / Net I/σ(I): 11.529 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.1 Å |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3P96 Resolution: 2.03→33.561 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.63 Details: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.08 Å2 / Biso mean: 49.6018 Å2 / Biso min: 21.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.03→33.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -5.2245 Å / Origin y: -11.038 Å / Origin z: -38.7809 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |