PDB-5ir1: Cetuximab Fab in complex with 3-bromophenylalanine meditope variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ir1

タイトル

Cetuximab Fab in complex with 3-bromophenylalanine meditope variant

要素

(Cetuximab Fab ...) x 2
Meditope variant

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.482 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / Williams, J.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C.

履歴

登録	2016年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5ir1.ent.gz	296.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ir1_validation.pdf.gz	494.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ir1_full_validation.pdf.gz	498.6 KB	表示
XML形式データ	5ir1_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5ir1_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5ir1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5etuC 5eukC 5f88C 5ff6C 5i2iC 5iopC 5itfC 5iv2C 5ivzC 5t1kC 5t1lC 5t1mC 5th2C 4gw1S 5hpm 5hyq 5icx 5icy 5icz 5id0 5id1 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iop-2 5f88-1 5itf-2 5itf-1 5t1m-1 5euk-2 4ong-d 5iv2-2 2uyl-3 4kph-1 5t78-2 5icy-2 5i76-2 5ff6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cetuximab Fab light chain

B: Cetuximab Fab heavy chain

C: Cetuximab Fab light chain

D: Cetuximab Fab heavy chain

E: Meditope variant

F: Meditope variant

ヘテロ分子

97.5 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Cetuximab Fab light chain

B: Cetuximab Fab heavy chain

E: Meditope variant

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Cetuximab Fab light chain

D: Cetuximab Fab heavy chain

F: Meditope variant

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.040, 82.510, 211.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体	Cetuximab Fab light chain 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体	Cetuximab Fab heavy chain 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド

Meditope variant

分子量: 1459.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 510分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M citric acid, 0.1 M sodium hydrogen phosphate, 0.4 M potassium hydrogen phosphate, 1.6 M sodium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→34.225 Å / Num. obs: 40296 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 30.1
反射シェル	解像度: 2.48→2.55 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 8.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4gw1

4gw1

解像度: 2.482→34.225 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	2014	5 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1657	40287	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.482→34.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6760	0	34	506	7300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	9539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.221	4153
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4825-2.5445	0.3131	132	0.199	2510	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5445-2.6133	0.3131	143	0.1905	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6133-2.6902	0.2448	141	0.1802	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6902-2.777	0.2743	143	0.1821	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.777-2.8762	0.2425	143	0.1776	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8762-2.9913	0.2142	143	0.1763	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9913-3.1273	0.2545	143	0.1822	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1273-3.2921	0.2591	144	0.1841	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2921-3.4981	0.2039	143	0.1588	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4981-3.7679	0.2007	146	0.1515	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7679-4.1465	0.18	144	0.1425	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1465-4.7452	0.1622	147	0.1171	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7452-5.9732	0.17	147	0.1434	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9732-34.2278	0.2104	155	0.1992	2939	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7986	-0.5986	0.6791	2.289	-3.7145	7.9054	0.2014	0.5526	-0.3089	-0.1224	0.2266	0.7931	-0.3403	-0.8283	-0.4098	0.2824	0.0744	0.002	0.4611	-0.0239	0.2821	16.0702	-32.0399	-15.0318
2	2.9048	0.7068	1.1137	2.6545	-1.0556	3.2756	0.0204	-0.135	0.2464	-0.228	-0.0157	-0.0703	-0.7987	0.2357	-0.0046	0.5014	-0.0021	0.0771	0.2112	-0.0263	0.1993	29.9637	-24.6407	-14.2346
3	2.8328	0.7336	-1.0228	3.628	-0.6325	2.7301	0.0498	-0.2036	0.3102	-0.1451	0.1278	0.2197	-0.6488	-0.1457	-0.1199	0.3472	0.0514	0.0083	0.2592	-0.0418	0.1486	25.9895	-29.4157	-16.901
4	0.6238	1.3839	-2.1951	2.9362	-4.7163	7.4514	0.0856	-0.1702	0.1668	0.7438	0.3144	0.3098	-0.3462	0.1458	-0.3995	0.45	0.0744	0.0896	0.2569	-0.0033	0.2332	24.9677	-18.0622	-35.1004
5	4.1576	-0.8477	-0.1522	5.8081	3.2295	6.326	0.3821	0.3529	-0.3932	-0.0428	-0.2456	-0.625	0.55	0.3874	-0.1655	0.18	0.0561	0.0159	0.2689	-0.011	0.2105	34.32	-36.2834	-57.7552
6	2.1304	1.1984	1.6835	6.1575	5.9665	6.725	-0.1623	-0.0705	0.1696	0.0705	0.0899	0.3668	-0.0555	-0.2264	0.0613	0.1155	-0.0264	0.0608	0.1637	0.0297	0.234	24.6658	-27.2084	-50.5099
7	3.2208	1.4691	4.0792	2.2281	2.9249	5.8884	-0.0013	0.1378	0.2038	0.0107	0.0448	0.2551	-0.1605	-0.2203	-0.1077	0.1252	-0.0456	-0.0365	0.2794	-0.0115	0.3141	19.8363	-33.5553	-55.2011
8	8.0766	3.4295	5.5335	9.1424	4.9002	4.6406	0.1237	-0.8961	-0.1431	0.9514	-0.2934	0.3906	0.3283	-0.4032	0.208	0.2657	0.0133	0.0528	0.2392	0.0344	0.2205	30.2681	-22.5539	-36.9931
9	2.6549	-0.1218	0.3815	5.4514	1.6129	4.1279	0.0978	0.5356	0.0336	-0.5272	-0.1662	0.3903	-0.0388	0.1302	0.0777	0.1257	0.0134	-0.0624	0.2502	-0.0049	0.2095	25.586	-30.1047	-59.8015
10	2.0585	0.7065	0.8967	1.5652	0.9867	5.4246	0.0685	-0.0826	-0.1851	-0.0298	0.0066	-0.0969	0.29	0.1259	-0.0664	0.2026	0.0173	0.0048	0.1705	0.0235	0.1817	33.2512	-47.0119	-16.9237
11	4.8544	3.4114	-1.1436	3.5127	0.091	3.3748	-0.1031	0.1798	0.2707	-0.4692	0.0429	0.4413	0.1614	-0.0028	-0.0649	0.0837	0.0296	-0.0141	0.1705	-0.0451	0.195	35.8195	-37.5663	-49.815
12	1.4864	1.7023	-0.6694	4.2364	-1.1359	1.4746	-0.0532	-0.0251	-0.0749	-0.0203	-0.0585	0.0186	-0.0153	-0.063	0.0937	0.1261	0.0081	0.0168	0.1986	-0.0465	0.1672	36.455	-35.2414	-43.6079
13	6.7967	4.0657	-2.5516	7.4668	-3.9851	5.7498	-0.0927	-0.3056	-0.1409	-0.0657	-0.1994	-0.4746	0.2516	0.2098	0.2387	0.084	0.0431	0.0167	0.195	0.0306	0.2333	44.7947	-39.0575	-46.9233
14	3.057	3.9883	3.709	6.6269	5.0058	7.4135	0.2014	0.4411	-0.1514	-0.4664	0.2528	-0.8346	0.4606	0.6418	-0.4478	0.4599	0.151	0.0868	0.2897	0.0034	0.3366	11.3484	-16.7228	-19.5423
15	3.4304	0.4374	-0.5716	3.5979	1.3969	3.4924	0.0041	0.0141	-0.2479	-0.0931	0.0277	-0.0314	0.2969	-0.0543	-0.0511	0.2991	0.0373	0.0096	0.1643	0.0624	0.2026	3.5802	-14.813	-14.0064
16	0.4731	0.216	0.0457	1.7505	3.6603	6.1083	-0.0056	-0.1284	-0.179	0.1107	0.2454	-0.1792	0.3493	0.4425	-0.2627	0.387	0.0785	-0.0245	0.1915	0.0349	0.2188	7.6642	-12.1766	-21.531
17	1.7301	0.7472	-1.2484	2.7156	-1.6794	3.4765	-0.1252	0.1383	-0.1198	-0.181	0.0933	-0.1161	0.1425	-0.0402	0.0368	0.0969	-0.0222	0.0005	0.1798	-0.0263	0.1852	5.2444	-7.1834	-52.4013
18	8.7636	3.0619	-5.4188	7.4431	-5.2326	7.5662	-0.0348	0.385	0.246	0.1478	0.1395	0.1505	-0.5077	-0.242	-0.1462	0.2701	0.0507	-0.0125	0.2621	-0.0543	0.1776	-3.2137	10.3399	-22.5875
19	0.3524	-0.0624	0.0952	0.0648	-0.1941	3.9234	0.0298	-0.1323	0.0756	0.0252	0.0345	0.0173	-0.3198	-0.0449	-0.0635	0.2345	0.032	0.0152	0.1681	0.0123	0.1744	-1.0374	6.89	-15.7453
20	3.6344	0.4205	-0.4472	3.863	-3.7582	3.6444	-0.3503	0.4006	-0.3673	-1.5757	0.2474	0.2318	0.0374	-0.1636	-0.0442	0.1983	-0.0238	0.0012	0.2428	0.0213	0.2605	-5.217	-6.073	-50.9163
21	1.3365	0.8474	1.0836	4.1765	0.8375	2.2811	0.0592	0.0829	-0.0531	0.1722	0.0325	-0.0497	-0.0759	-0.039	-0.0594	0.1147	-0.006	0.0109	0.1311	0.0322	0.1619	-4.3347	-2.5147	-41.3235
22	4.5578	2.4982	1.6873	6.2	3.4092	5.5689	-0.0037	-0.1823	0.2052	-0.2971	-0.3163	0.5145	-0.1467	-0.6136	0.3228	0.0954	0.0281	0.009	0.2291	0.0258	0.2617	-12.8493	1.1295	-45.1729
23	6.5505	1.1184	-2.4411	8.6465	0.4269	8.728	-0.4775	-0.4821	-1.2652	-1.0598	0.2367	0.1409	0.1813	-0.2216	0.2527	0.7638	0.0951	0.036	0.3962	0.1396	0.4271	23.9906	-35.6938	-30.5683
24	0.4156	-0.4153	-1.4629	7.7629	3.907	7.0649	0.2247	-0.2448	0.3583	-1.7212	-0.368	-0.0256	-0.6919	0.0981	0.1886	0.704	0.0386	0.1268	0.3896	0.029	0.2905	7.6808	-3.4074	-28.8591
25	1.0915	0.2125	-0.0794	1.0802	-0.4262	2.0864	0.2014	-0.0242	0.171	-0.2592	0.0251	0.2617	-0.2818	0.0599	-0.2341	0.455	0.091	0.0605	0.2201	-0.0196	0.2246	22.3987	-24.6686	-16.4902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1:8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39:75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76:101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102:113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114:128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 129:150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 151:163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 164:174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 175:213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1:117 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 118:151 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 152:195 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 196:220 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1:18 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 19:90 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 91:113 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 114:213 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1:17 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 18:130 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 131:151 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 152:194 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 195:220 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 1:12 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 1:12 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 9:38 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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