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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iib | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of red abalone egg VERL repeat 3 in complex with sperm lysin at 1.64 A resolution (crystal form II) | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / SPERM RECEPTOR / EGG COAT / VITELLINE ENVELOPE / ZP DOMAIN / ZP-N DOMAIN / SPERM ACROSOME / EGG COAT PENETRATION | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitelline envelope / acrosomal lumen / sperm-egg recognition / single fertilization / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Haliotis rufescens (無脊椎動物) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Raj, I. / Sadat Al-Hosseini, H. / Nishimura, K. / De Sanctis, D. / Jovine, L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization. 著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L. #1: ジャーナル: Mol. Biol. Evol. / 年: 2011 タイトル: The molecular basis of sex: linking yeast to human. 著者: Swanson, W.J. / Aagaard, J.E. / Vacquier, V.D. / Monne, M. / Sadat Al Hosseini, H. / Jovine, L. #2: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2006 タイトル: Rapidly evolving zona pellucida domain proteins are a major component of the vitelline envelope of abalone eggs. 著者: Aagaard, J.E. / Yi, X. / MacCoss, M.J. / Swanson, W.J. #3: ジャーナル: Gene / 年: 2002 タイトル: Full-length sequence of VERL, the egg vitelline envelope receptor for abalone sperm lysin. 著者: Galindo, B.E. / Moy, G.W. / Swanson, W.J. / Vacquier, V.D. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2000 タイトル: 1.35 and 2.07 A resolution structures of the red abalone sperm lysin monomer and dimer reveal features involved in receptor binding. 著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. #5: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1997 タイトル: The abalone egg vitelline envelope receptor for sperm lysin is a giant multivalent molecule. 著者: Swanson, W.J. / Vacquier, V.D. #6: ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure and subunit dynamics of the abalone sperm lysin dimer: egg envelopes dissociate dimers, the monomer is the active species. 著者: Shaw, A. / Fortes, P.A. / Stout, C.D. / Vacquier, V.D. #7: ジャーナル: Science / 年: 1993 タイトル: The crystal structure of lysin, a fertilization protein. 著者: Shaw, A. / McRee, D.E. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iib.cif.gz | 159.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iib.ent.gz | 126.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5iib_validation.pdf.gz | 938.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5iib_full_validation.pdf.gz | 941.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5iib_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5iib_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iib | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 16295.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04552 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14432.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WR62 |
-糖 , 2種, 3分子
#3: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 127分子
#4: 化合物 | ChemComp-EPE / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→32.25 Å / Num. obs: 39159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04848 / Net I/σ(I): 12.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 2.087 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2LIS 解像度: 1.64→32.25 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→32.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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