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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ii8 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Orthorhombic crystal structure of red abalone lysin at 0.99 A resolution | |||||||||||||||||||||
要素 | Egg-lysin | |||||||||||||||||||||
キーワード | CELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / EGG-BINDING PROTEIN / ACROSOMAL PROTEIN / EGG COAT PENETRATION / CRYSTAL DEHYDRATION | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Haliotis rufescens (無脊椎動物) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sadat Al-Hosseini, H. / Raj, I. / Nishimura, K. / De Sanctis, D. / Jovine, L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization. 著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2000 タイトル: 1.35 and 2.07 A resolution structures of the red abalone sperm lysin monomer and dimer reveal features involved in receptor binding. 著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. #2: ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure and subunit dynamics of the abalone sperm lysin dimer: egg envelopes dissociate dimers, the monomer is the active species. 著者: Shaw, A. / Fortes, P.A. / Stout, C.D. / Vacquier, V.D. #3: ジャーナル: Science / 年: 1993 タイトル: The crystal structure of lysin, a fertilization protein. 著者: Shaw, A. / McRee, D.E. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ii8.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ii8.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ii8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ii8_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ii8_full_validation.pdf.gz | 443 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ii8_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ii8_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5ii8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5ii8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16483.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / プラスミド: pJexpress411 / 詳細 (発現宿主): DNA2.0 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRARE star / 参照: UniProt: P04552 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MES / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.65 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl, 0.1 M CHES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.99→39.422 Å / Num. obs: 101171 / % possible obs: 94.12 % / 冗長度: 4.89 % / Biso Wilson estimate: 11.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.99→1.01 Å / 冗長度: 4.86 % / Rmerge(I) obs: 2.006 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 87.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5II7 解像度: 0.99→39.422 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.99→39.422 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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