PDB-5ih0: Macrolide 2'-phosphotransferase type II Y92M mutant - complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ih0

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type II Y92M mutant - complex with GDP and erythromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase II

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ih0.cif.gz	208.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ih0.ent.gz	166.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ih0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ih0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ih0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ih0_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5ih0_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih1C 5iwuSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5igv-d 5o9w-d 5ih1-d 5igs-d 3c3p-1 4yr7-2 5igj-d 5oyc-1 2oo6-d 5igh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.920, 80.090, 96.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B) 分子量: 34495.234 Da / 分子数: 1 / 変異: Y92M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

#1: タンパク質

Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)

分子量: 34495.234 Da / 分子数: 1 / 変異: Y92M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

-
非ポリマー , 5種, 455分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₇NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月13日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→41.395 Å / Num. obs: 38102 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.93

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.69		0.572	2.79	1	100
1.69-1.74		0.448	3.85	1	100
1.74-1.79		0.4	4.41	1	100
1.79-1.84		0.293	5.97	1	100
1.84-1.91		0.235	7.67	1	99.8
1.91-1.97		0.162	11.64	1	99.7
1.97-2.05		0.127	14.15	1	100
2.05-2.13		0.1	18.64	1	99.9
2.13-2.22		0.077	23.65	1	100
2.22-2.33		0.067	27.43	1	99.5
2.33-2.46		0.055	31.78	1	99.9
2.46-2.61		0.046	37.54	1	99.9
2.61-2.79		0.039	42.69	1	99.9
2.79-3.01		0.035	48.58	1	99.9
3.01-3.3		0.029	57.33	1	99.9
3.3-3.69		0.025	63.73	1	100
3.69-4.26		0.022	68.59	1	99.9
4.26-5.22		0.02	70.54	1	99.9
5.22-7.38		0.018	67.87	1	100
	7.38	0.017	69.91	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IWU

5iwu

解像度: 1.65→41.395 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	1902	4.99 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1832	38086	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.23 Å² / B_iso mean: 24.66 Å² / B_iso min: 3.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→41.395 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2393	0	166	451	3010
B_iso mean	-	-	21.42	31.54	-
残基数	-	-	-	-	299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	3541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.582	931

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.65-1.6913	0.2608	134	0.2451	2546	2680
1.6913-1.737	0.2756	133	0.2238	2557	2690
1.737-1.7881	0.2678	133	0.2204	2524	2657
1.7881-1.8458	0.2514	133	0.2128	2532	2665
1.8458-1.9118	0.2576	136	0.2173	2572	2708
1.9118-1.9883	0.2429	132	0.2054	2543	2675
1.9883-2.0788	0.2411	135	0.1923	2554	2689
2.0788-2.1884	0.2097	135	0.1831	2574	2709
2.1884-2.3255	0.2132	135	0.1842	2568	2703
2.3255-2.5051	0.2039	136	0.1761	2594	2730
2.5051-2.7571	0.2083	137	0.1743	2590	2727
2.7571-3.1559	0.2022	137	0.1742	2599	2736
3.1559-3.9757	0.1813	139	0.155	2654	2793
3.9757-41.4083	0.1784	147	0.1696	2777	2924

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1749	0.0986	-1.4876	2.1668	1.6727	5.2736	0.0186	-0.7072	-0.4196	0.6249	-0.1678	-0.1839	0.6699	-0.1216	0.1195	0.5263	-0.0099	-0.1535	0.3137	0.03	0.2199	9.6022	-11.0437	52.0602
2	1.7693	-0.5628	-1.4155	4.5388	1.8196	1.5643	-0.2119	-0.2081	0.1053	0.3303	-0.4613	0.5829	-0.0403	-0.685	0.6291	0.385	0.0422	-0.0534	0.4597	-0.1457	0.2221	2.0906	-8.1545	46.2085
3	1.4379	0.7326	1.1493	5.1157	1.6019	3.6432	-0.2054	0.1279	0.0777	-0.0306	0.0033	0.0925	-0.1094	-0.2469	0.1253	0.2406	0.0514	-0.0589	0.2314	-0.066	0.1074	6.3463	-7.5808	42.5089
4	0.4774	-0.9062	0.8389	2.2488	-1.8147	1.6281	-0.0485	0.0222	0.08	0.0584	-0.0386	-0.3079	0.0616	0.0822	0.0728	0.0898	0.0043	-0.0021	0.1377	-0.0106	0.1759	10.433	-6.9225	29.641
5	4.7626	0.3287	-1.7859	1.1093	0.5336	6.0782	-0.0784	-0.3647	0.0098	0.2943	0.0199	-0.6795	0.2278	0.2805	0.0631	0.1477	0.0105	-0.0764	0.1136	0.0163	0.2305	13.496	-10.2509	39.047
6	2.5013	-1.8859	1.6458	1.44	-1.2858	1.1935	-0.0895	-0.5027	0.2506	0.2911	0.0582	-0.2371	-0.1827	-0.1284	0.0254	0.2178	0.0648	-0.0773	0.2571	-0.0878	0.1559	0.7184	1.2853	38.3009
7	1.904	-0.2129	0.0004	1.5592	0.0992	1.7858	-0.1905	-0.2672	-0.1072	0.2063	0.0535	0.1483	0.0071	-0.2417	0.0768	0.1111	0.024	0.0142	0.1233	0.0117	0.1259	-8.8354	2.0889	27.1211
8	8.3866	-2.2815	1.217	3.9319	2.6201	2.807	0.0623	0.173	0.2173	0.0011	0.1479	0.8888	-0.0144	-0.6125	-0.204	0.0924	0.0001	0.0465	0.2506	0.0541	0.2368	17.7341	-3.9115	16.7238
9	0.3795	0.3218	-0.0817	0.9286	0.4027	0.955	-0.1326	0.1725	-0.2877	-0.1033	-0.0732	0.0537	0.288	-0.1855	-0.0153	0.2558	-0.0357	0.1271	0.1971	-0.1055	0.2498	2.1175	-14.0345	9.752
10	0.1735	-0.2174	0.2675	1.1656	-0.441	0.4258	-0.2254	0.096	0.0133	-0.475	0.0841	0.0478	-0.0706	0.0122	0.1052	0.5594	-0.1874	0.1115	0.3831	-0.2322	0.6982	-12.6558	-23.3071	10.6199
11	0.5728	0.2891	0.206	0.6384	0.3429	0.2925	-0.1567	0.2333	-0.1307	-0.3379	-0.0969	0.2228	0.0818	-0.4314	0.1786	0.3106	-0.1089	0.0294	0.4831	-0.1401	0.1862	-7.3934	-9.3601	4.0973
12	1.9891	0.0152	-0.5212	1.3585	-0.2742	1.5228	-0.1132	-0.1049	0.0983	0.0649	0.0918	-0.0587	-0.0252	-0.0542	0.003	0.0595	0.0173	0.0005	0.0693	-0.0059	0.0549	-3.4503	-2.0051	24.4043
13	4.2022	-0.5327	-2.0082	3.5808	-0.1479	3.0045	-0.0775	0.4673	0.3135	-0.2936	0.1766	0.3007	-0.1193	-0.2711	-0.0681	0.0883	0.0182	-0.0073	0.113	0.0492	0.0929	-9.243	6.9773	14.9463
14	2.6211	0.9824	-0.8652	4.25	-0.7001	1.3681	-0.1958	0.3595	-0.2109	-0.2774	-0.0199	0.1525	0.2936	-0.1383	0.1544	0.1494	-0.0384	0.032	0.1515	-0.0358	0.092	-8.5548	-6.8974	12.6877
15	0.7736	-0.3918	-0.1019	0.8142	-0.0179	0.7527	-0.2052	-0.0167	-0.2284	0.149	-0.0865	0.1606	0.3495	-0.1111	0.2178	0.6411	-0.06	0.4402	0.3039	-0.08	0.8102	-12.5422	-23.1424	23.4756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:20)	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 21:44)	A	21 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 45:51)	A	45 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 52:81)	A	52 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 82:91)	A	82 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:100)	A	92 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 101:139)	A	101 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 140:145)	A	140 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 146:165)	A	146 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 166:177)	A	166 - 177
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 178:193)	A	178 - 193
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 194:240)	A	194 - 240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 241:256)	A	241 - 256
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 257:280)	A	257 - 280
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 281:299)	A	281 - 299

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 455分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 455分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 455分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)