PDB-5igu: Macrolide 2'-phosphotransferase type II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igu

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type II

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase II

キーワード

TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase

機能・相同性

Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / Macrolide 2'-phosphotransferase II

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igu.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igu.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5igu_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5igu_full_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示
XML形式データ	5igu_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	5igu_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a1i-2 2wvd-1 4a1i-3 4a1i-1 6lcd-1 3mps-1 1mms-1 5jy9-1 4a1i-5 2ffs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.360, 114.890, 92.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-426- HOH

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B) 分子量: 34949.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)

分子量: 34949.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM2506 / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.15 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 16% PEG 8000 and 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→19.897 Å / Num. obs: 18990 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.84

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15		0.367	2.27	1	69.3
2.15-2.21		0.27	3.33	1	77.4
2.21-2.28		0.325	3	1	7.3
2.28-2.35		0.193	5.65	1	87.9
2.35-2.42		0.178	7.06	1	99
2.42-2.51		0.163	8.37	1	99
2.51-2.6		0.121	10.35	1	99.7
2.6-2.71		0.107	12.08	1	97.1
2.71-2.83		0.071	15.89	1	99.8
2.83-2.97		0.06	18.35	1	99.9
2.97-3.13		0.047	22.79	1	99.9
3.13-3.32		0.034	28.9	1	99.5
3.32-3.55		0.029	35.75	1	96.5
3.55-3.83		0.023	42.41	1	96.5
3.83-4.2		0.022	47.97	1	95.4
4.2-4.7		0.02	52.34	1	99
4.7-5.42		0.019	52.17	1	98.6
5.42-6.64		0.02	51.85	1	98
6.64-9.39		0.016	58.2	1	97.5
	9.39	0.015	59.55	1	85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.897 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	1910	10.06 %
R_work	0.1983	-	-
obs	0.2006	18978	89.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.29 Å² / B_iso mean: 41.28 Å² / B_iso min: 15.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→19.897 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2085	0	0	109	2194
B_iso mean	-	-	-	39.19	-
残基数	-	-	-	-	264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	2906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.098	760

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1525	0.3029	107	0.2441	976	1083	71
2.1525-2.2106	0.2585	113	0.2119	1037	1150	78
2.2106-2.2756	0.2947	19	0.2288	172	191	78
2.2756-2.3489	0.2251	134	0.2078	1166	1300	93
2.3489-2.4327	0.2296	149	0.1892	1361	1510	99
2.4327-2.5299	0.2603	148	0.2035	1353	1501	100
2.5299-2.6448	0.2383	155	0.1849	1354	1509	100
2.6448-2.7839	0.2397	155	0.2159	1358	1513	100
2.7839-2.9578	0.2002	151	0.1957	1346	1497	100
2.9578-3.1853	0.2287	153	0.1971	1385	1538	100
3.1853-3.5043	0.2175	152	0.1934	1370	1522	100
3.5043-4.0078	0.2073	154	0.1886	1358	1512	99
4.0078-5.0358	0.2033	158	0.1718	1390	1548	100
5.0358-19.8978	0.2211	162	0.2264	1442	1604	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7776	0.3557	0.162	2.0566	0.6168	2.0661	-0.0584	0.1713	-0.6766	-0.3372	0.0092	-0.441	1.0068	-0.3453	0.1116	0.6516	-0.1052	0.1005	0.3533	0.1036	0.5341	33.1411	8.2586	40.3233
2	1.0433	0.4033	0.1554	0.6923	-0.9515	1.9185	-0.1547	0.4378	-0.1978	-0.1171	0.0644	0.3469	0.1563	-0.9388	0.2696	0.4149	-0.049	0.0304	0.5593	-0.0417	0.3459	24.8491	27.1653	25.7207
3	2.8469	0.1136	0.5196	0.8827	0.0025	2.6899	-0.0668	0.2154	-0.0967	-0.0325	0.0264	-0.1067	0.0078	0.2428	0.0215	0.1809	0.0076	-0.0107	0.1917	0.033	0.2004	45.5383	29.8281	35.3251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:94)	A	32 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 95:121)	A	95 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 122:299)	A	122 - 299

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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