PDB-5igp: Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with GDP and ery...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igp

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with GDP and erythromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igp.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igp.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igrSC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5igt-d 5igs-d 5yw4-d 5igj-d 5igi-d 5igw-d 5yy6-d 6ggh-1 5igr-d 4b45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.140, 45.140, 247.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'-phosphotransferase Mph(A) / Macrolide 2-phosphotransferase / Macrolide 2-phosphotransferase protein / macrolide resistance protein / Macrolide-phosphotransferase / mph(A) / Mph(A) / Mph(A) macrolide 2'-phosphotransferase I / Uncharacterized protein 分子量: 33266.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Tf481A 遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_ ...遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47396
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₇NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M Na citrate, 27% PEG 4000, 18% isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月3日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→41.175 Å / Num. obs: 40026 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.19

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.64		0.703	2.44	1	98.9
1.64-1.69		0.643	3.45	1	100
1.69-1.74		0.498	4.92	1	100
1.74-1.79		0.429	6.13	1	100
1.79-1.85		0.362	7.42	1	100
1.85-1.91		0.288	9.47	1	100
1.91-1.98		0.228	12.16	1	100
1.98-2.07		0.177	15.4	1	100
2.07-2.16		0.138	19.04	1	100
2.16-2.26		0.118	21.99	1	100
2.26-2.39		0.098	25.08	1	100
2.39-2.53		0.087	27.68	1	100
2.53-2.7		0.074	30.65	1	100
2.7-2.92		0.061	35.8	1	100
2.92-3.2		0.052	40.91	1	100
3.2-3.58		0.041	46.2	1	100
3.58-4.13		0.036	51.03	1	99.9
4.13-5.06		0.032	53.52	1	100
5.06-7.16		0.03	51.76	1	100
	7.16	0.027	52.76	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS	Mar 5, 2012	データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IGR

5igr

解像度: 1.6→41.175 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1819	1992	4.98 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1616	40019	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.99 Å² / B_iso mean: 17.25 Å² / B_iso min: 4.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→41.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2334	0	168	287	2789
B_iso mean	-	-	19.9	25.82	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	3480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.806	892

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5999-1.6399	0.2734	138	0.2416	2586	2724	99
1.6399-1.6843	0.2688	137	0.2051	2678	2815	100
1.6843-1.7338	0.2264	140	0.186	2694	2834	100
1.7338-1.7898	0.2181	142	0.1777	2647	2789	100
1.7898-1.8538	0.1984	136	0.1658	2656	2792	100
1.8538-1.928	0.1894	142	0.1589	2670	2812	100
1.928-2.0157	0.1857	144	0.1564	2692	2836	100
2.0157-2.122	0.1645	138	0.1449	2704	2842	100
2.122-2.2549	0.1551	140	0.1399	2732	2872	100
2.2549-2.429	0.1706	142	0.1399	2711	2853	100
2.429-2.6734	0.1666	144	0.1494	2709	2853	100
2.6734-3.0602	0.1658	145	0.1612	2763	2908	100
3.0602-3.855	0.1876	149	0.1457	2802	2951	100
3.855-41.1886	0.1779	155	0.1763	2983	3138	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3272	-0.5992	0.6218	0.6178	-0.78	1.3336	0.1625	-0.2052	0.2859	0.1679	-0.0696	-0.1623	-0.718	0.0976	0.0041	0.346	-0.0095	-0.0084	0.1978	-0.0184	0.2175	27.8222	57.4053	285.5739
2	1.2742	0.488	-0.9791	1.8136	-0.83	2.971	-0.2398	-0.1278	-0.1413	-0.0241	0.0945	-0.2549	0.0678	0.3123	0.0583	0.1682	0.0243	0.0108	0.2541	-0.0036	0.1456	29.8799	49.6767	277.7957
3	0.4168	0.1091	0.1426	1.4821	0.3918	1.1219	-0.0501	-0.035	0.0211	-0.0557	0.0485	0.0446	-0.163	-0.0646	0.0069	0.0673	-0.0053	-0.0072	0.1357	0.0081	0.0854	21.7095	44.2888	270.2201
4	0.7178	-0.1773	0.2321	0.5233	0.1503	0.756	0.0259	0.0382	-0.036	0.0243	-0.0301	-0.0755	0.0271	0.0816	0.0195	0.0466	-0.0355	-0.0208	0.0896	0.0296	0.0821	34.5291	31.6382	262.8935
5	0.8891	-0.0569	-0.2047	0.9395	0.2324	0.8377	-0.0082	-0.0802	-0.1361	0.0168	0.0209	0.0221	0.1147	0.0375	0.0038	0.0203	-0.0361	-0.0272	0.1323	0.0262	0.0682	29.8419	29.407	263.9422
6	1.73	0.4668	-0.3429	0.8362	-0.101	0.2871	0.1049	-0.1771	-0.1261	0.0165	-0.0882	-0.0437	0.0531	0.0403	-0.0207	0.0263	-0.0423	-0.0202	0.1503	0.0298	0.1034	38.5858	28.6639	262.9563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:27)	A	2 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:61)	A	28 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 62:103)	A	62 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 104:180)	A	104 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 181:244)	A	181 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 245:301)	A	245 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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