PDB-5igh: Macrolide 2'-phosphotransferase type I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igh

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type I

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5igh.cif.gz	205.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5igh.ent.gz	171.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5igh_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5igh_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	5igh_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5igh_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g0j-10 2dfv-3 3c3p-1 4ei8-d 4g0j-1 3gd6-d 5ih0-d 4dnh-d 4jn7-d 6nko-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.100, 84.100, 98.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-942- HOH

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'-phosphotransferase Mph(A) / Macrolide 2-phosphotransferase / Macrolide 2-phosphotransferase protein / macrolide resistance protein / Macrolide-phosphotransferase / mph(A) / Mph(A) / Mph(A) macrolide 2'-phosphotransferase I / Uncharacterized protein 分子量: 33641.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_ ...遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47396
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 0.1 M bicine, 2.2 M ammonium sulfate, 5% glycerol, 3% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→19.79 Å / Num. obs: 55320 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.46
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / % possible all: 69.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_1034	精密化
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.55→19.79 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	1953	3.53 %
R_work	0.151	-	-
obs	0.151	55316	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2345	0	10	444	2799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	3683
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.59	988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	493

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5887	0.2613	101	0.2227	2772	X-RAY DIFFRACTION	69
1.5887-1.6317	0.2462	105	0.192	3008	X-RAY DIFFRACTION	76
1.6317-1.6797	0.2237	122	0.175	3380	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6797-1.7339	0.1879	133	0.1511	3664	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7339-1.7958	0.1879	151	0.1447	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7958-1.8676	0.1542	145	0.148	4051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8676-1.9526	0.1626	147	0.1442	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9526-2.0554	0.1727	151	0.1433	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0554-2.184	0.1869	148	0.1404	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.3524	0.1752	147	0.1405	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3524-2.5887	0.1594	149	0.15	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5887-2.9622	0.1862	150	0.1475	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9622-3.728	0.1495	153	0.1431	4106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.728-19.7889	0.1384	151	0.1602	4168	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0595	-0.1246	-0.0547	0.1114	0.024	0.0948	-0.0374	-0.0515	-0.023	0.2374	0.1809	-0.2591	0.0664	0.2601	-0	0.207	0.0377	-0.0159	0.2997	-0.042	0.2377	4.7262	45.0282	59.912
2	0.5899	-0.631	-0.1004	0.2854	0.058	0.4323	-0.0137	-0.2243	-0.1502	-0.0182	0.0224	0.0584	0.0769	0.1014	-0	0.1424	0.0142	0.0165	0.237	0.0355	0.1984	2.5674	39.1614	52.9161
3	0.803	-0.5863	-0.1199	0.4197	0.2726	0.2552	-0.0076	-0.1715	-0.0241	-0.0873	-0.0431	-0.0469	-0.0086	0.075	0	0.1397	-0.0019	0.0049	0.1492	0.0329	0.1888	3.9245	39.5009	47.0039
4	0.1181	-0.1015	-0.1843	0.1018	0.0775	0.1574	0.0432	0.0185	0.0195	0.0489	0.1026	0.0822	-0.0642	-0.1094	-0	0.1931	0.027	-0.005	0.2022	0.0274	0.1885	0.4628	37.9377	31.0247
5	0.2491	0.2593	-0.201	-0.0216	-0.2051	0.449	0.0783	-0.0084	-0.0189	-0.0776	0.0342	0.095	-0.0419	-0.1124	0	0.1265	0.0116	-0.0184	0.1507	0.0315	0.1762	0.2053	35.1232	40.3291
6	1.0428	-0.0139	-0.0521	0.3105	-0.2233	0.5901	0.0565	-0.1992	-0.178	0.0235	0.035	0.028	0.4079	0.1386	0.0163	0.2352	0.0591	-0.0352	0.1631	0.0131	0.1968	16.094	20.9453	40.5033
7	0.7331	-0.8784	0.375	0.6259	-0.1952	0.3833	0.1385	0.3133	0.086	-0.2485	-0.0763	0.0143	0.068	-0.0204	0.0022	0.1872	0.0334	0.0011	0.1878	0.0204	0.1486	12.194	37.3596	19.7
8	0.3003	0.0581	-0.0924	0.2678	-0.0092	0.1024	-0.1191	-0.1097	0.5451	-0.1464	0.2925	-0.0351	-0.3237	-0.0002	0.0806	0.2932	-0.0734	-0.0301	0.1344	-0.0863	0.4706	30.4738	48.1774	27.0512
9	0.0093	-0.0211	-0.0103	0.0292	0.01	0.0091	-0.0435	0.0568	0.1428	-0.1439	-0.2986	-0.2792	-0.0525	0.3245	0	0.2337	-0.0716	0.0511	0.3103	-0.0007	0.2811	39.5764	39.5924	25.7644
10	0.8439	-0.1219	0.0677	0.6178	-0.0349	-0.0508	0.1072	0.1874	-0.0083	-0.1489	-0.0396	-0.0404	0.066	0.098	0.0157	0.2008	0.0566	0.0173	0.2093	-0.0064	0.1408	23.0885	32.5576	21.7272
11	0.0117	-0.0035	-0.0096	0.0212	0.0026	0.0034	0.1901	-0.1399	-0.3604	0.2615	0.0565	0.1155	0.4217	0.0477	0.0002	0.3341	0.0292	-0.0436	0.1475	0.0636	0.3047	9.0722	15.132	39.4576
12	0.5099	0.416	-0.5033	0.2428	-0.4856	0.4077	0.0184	-0.0337	-0.0937	-0.0475	-0.0312	-0.0181	-0.0035	0.1048	0.0012	0.1135	0.0448	-0.0172	0.0894	0.0034	0.1066	15.8957	28.5101	29.746
13	0.8981	0.1266	-0.5639	0.4468	-0.133	0.9433	0.0047	0.2718	-0.3281	-0.3205	-0.0584	-0.1969	0.2042	0.281	-0.0481	0.2483	0.0741	-0.0091	0.1678	-0.0572	0.228	21.3477	22.8275	21.6147
14	0.0324	0.0529	-0.053	0.1692	-0.1001	0.1939	-0.2672	-0.7235	0.5264	0.3657	0.1235	0.2162	0.0773	-0.2563	-0.001	0.2645	0.1008	0.0579	0.3966	-0.1356	0.3203	23.5067	43.7416	33.2527
15	0.0937	-0.0721	0.0869	0.1696	-0.0968	0.1177	0.0105	-0.149	0.4399	-0.1145	-0.1613	-0.0217	0.0689	-0.1369	-0.1087	0.5263	0.265	0.0649	0.7696	-0.5994	-0.3082	28.1419	44.4526	40.8063
16	0.0277	-0.0021	0.0116	0.032	-0.0203	0.001	-0.2204	-0.3308	-0.1834	0.2016	0.1536	-0.4228	-0.1299	-0.2136	-0.0002	0.3099	0.038	-0.0356	0.4253	-0.0302	0.2864	35.8953	37.3021	32.3578

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 16:45)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 46:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 60:75)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 76:96)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 97:131)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 132:164)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 165:171)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 172:175)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 176:207)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 208:213)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 214:241)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 242:274)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 275:285)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 286:294)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 295:301)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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