PDB-5ifz: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Brucella m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifz

タイトル

Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Brucella melitensis 16M

要素

Ribose 5-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / alpha-beta-alpha / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis bv. 1 str. 16M (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Brucella melitensis 16M
著者: Delker, S.L. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifz.cif.gz	104.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifz.ent.gz	78.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3he8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zie-d 1lki-d 2g3v-1 6yp4-d 1hk0-d 4ryn-d 1gam-d 4oik-1 1a0o-4 1jyq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrmeA.00966.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribose 5-phosphate isomerase

B: Ribose 5-phosphate isomerase

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.570, 51.570, 177.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Ribose 5-phosphate isomerase 分子量: 18227.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 str. 16M (マルタ熱菌) 株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0424 / プラスミド: BrmeA.00966.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YCV4, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ribose 5-phosphate isomerase

分子量: 18227.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Brucella melitensis bv. 1 str. 16M (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0424 / プラスミド: BrmeA.00966.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YCV4, ribose-5-phosphate isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: MCSG-1 a5(250341a5): 0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Sodium Acetate: Acetic Acid pH 4.5, 1.26 M Ammomium Sulfate; cryo: 20% GLYCEROL; BrmeA.00966.a.B1.PW37380 at 25.8 mg/ml, puck twt3-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→44.935 Å / Num. obs: 32358 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.81 % / B_iso Wilson estimate: 22.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.64	7.97	0.482	3.5	1	99.8
1.64-1.69		0.4	4.26	1	100
1.69-1.74		0.328	5.2	1	99.9
1.74-1.79		0.24	6.98	1	99.9
1.79-1.85		0.175	9.25	1	99.8
1.85-1.91		0.133	12.33	1	99.6
1.91-1.98		0.101	16.49	1	99.4
1.98-2.07		0.074	21.91	1	99.4
2.07-2.16		0.063	26.2	1	99.6
2.16-2.26		0.053	31.34	1	99.4
2.26-2.39		0.046	35.82	1	98.7
2.39-2.53		0.042	39.16	1	98.6
2.53-2.7		0.037	45.2	1	98.4
2.7-2.92		0.034	49.9	1	98
2.92-3.2		0.032	53.34	1	98.6
3.2-3.58		0.029	59.05	1	98.3
3.58-4.13		0.027	61.49	1	98
4.13-5.06		0.026	61.54	1	96.8
5.06-7.16		0.026	59.13	1	98.3
7.16-44.935		0.026	51.05	1	66.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2313	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3he8

3he8

解像度: 1.6→44.323 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	2112	6.55 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.1827	32247	98.67 %
all	-	162986	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.81 Å² / B_iso mean: 33.0413 Å² / B_iso min: 14.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→44.323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1659	0	0	135	1794
B_iso mean	-	-	-	40.46	-
残基数	-	-	-	-	235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.697	2313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.703	1031

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6372	0.2786	148	0.254	1944	2092	100
1.6372-1.6781	0.2864	172	0.2371	1958	2130	100
1.6781-1.7235	0.2795	133	0.2312	2016	2149	100
1.7235-1.7742	0.2703	126	0.2061	2027	2153	100
1.7742-1.8315	0.2037	140	0.2041	1964	2104	100
1.8315-1.897	0.242	137	0.1927	1992	2129	99
1.897-1.9729	0.2181	133	0.1927	2005	2138	100
1.9729-2.0627	0.2062	137	0.1848	2009	2146	99
2.0627-2.1715	0.2182	142	0.1732	1998	2140	100
2.1715-2.3075	0.2051	166	0.1713	1980	2146	99
2.3075-2.4856	0.2062	153	0.1763	1990	2143	99
2.4856-2.7358	0.206	116	0.1724	2047	2163	98
2.7358-3.1315	0.2017	123	0.1802	2057	2180	99
3.1315-3.945	0.198	132	0.1642	2085	2217	98
3.945-44.3395	0.2064	154	0.1814	2063	2217	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2335	2.9333	-0.7085	6.8204	-1.4535	7.8812	-0.0283	0.3617	0.3134	-0.14	0.0531	0.2253	-0.5247	-0.1986	-0.0263	0.0944	0.031	-0.0408	0.2553	0.0715	0.2175	49.2927	1.5439	30.5362
2	4.5019	6.2299	3.7005	8.7888	4.7259	7.3192	0.1235	0.3216	0.293	0.1377	-0.1268	0.273	-0.1872	-0.2617	0.0134	0.1798	0.0496	-0.0226	0.3177	0.0668	0.2988	48.0415	-1.7862	23.6585
3	2.296	0.0202	0.661	2.8455	0.2314	4.2804	0.032	0.4287	-0.03	-0.2576	-0.1155	-0.078	0.092	0.096	0.0662	0.1439	0.0113	0.0036	0.2132	0.0061	0.1449	55.6781	-7.9524	29.3726
4	6.4322	3.7035	-1.3975	3.8144	-2.9999	3.1633	-0.2393	0.9607	-0.6406	-0.9078	0.1954	-0.93	0.6953	-0.0368	0.0226	0.5423	-0.0133	0.1217	0.2629	-0.0932	0.3691	60.1954	-30.2228	38.9663
5	4.7939	2.5811	1.2818	5.5355	-0.5573	0.7131	0.2665	0.0191	-0.8206	0.1757	-0.2158	-0.4374	0.8796	0.2406	-0.0052	0.5555	0.05	0.0272	0.1849	0.0196	0.3793	60.4995	-31.647	44.8116
6	5.7121	5.4673	2.0948	9.4802	0.8627	1.0738	-0.1203	0.2645	-0.2551	-0.4556	0.0383	0.2981	0.6834	0.0774	0.0617	0.5	-0.0214	0.051	0.2158	-0.0565	0.309	53.9392	-30.4713	35.3062
7	3.7961	0.2753	1.1454	5.091	3.8716	8.6008	0.1545	0.209	-0.2477	-0.0837	-0.156	0.2775	0.4837	-0.2694	0.01	0.2775	-0.0016	-0.0111	0.1049	0.0016	0.2198	50.9902	-19.5819	36.8416
8	2.9778	-4.6438	-1.1717	8.6783	2.3221	4.5308	0.2206	0.4423	-0.7348	0.0327	-0.3351	0.9345	0.6124	-0.552	0.135	0.3137	-0.0726	0.0018	0.1807	-0.0337	0.2767	48.1824	-22.6454	38.3039
9	6.8642	3.4328	-2.6958	5.9885	-2.6182	6.3867	-0.2228	0.1765	-0.1821	0.0265	0.0958	0.1744	0.7218	-0.0749	0.1228	0.3015	0.0076	0.0262	0.0916	-0.0008	0.1809	57.4334	-21.4592	45.8545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 35 )	A	14 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 67 )	A	36 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 142 )	A	68 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 14 through 24 )	B	14 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 25 through 58 )	B	25 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 59 through 81 )	B	59 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 110 )	B	82 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 118 )	B	111 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 141 )	B	119 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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