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- PDB-6yp4: Putative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveals a domina... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yp4 | ||||||
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Title | Putative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveals a dominant triphophatase activity | ||||||
![]() | Adenylate cyclase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Triphosphatase / plant / PPPase / GTP analog / substrate complex / substrate specificity | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kleinboelting, S. / Steegborn, C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure and enzymatic characterization of the putative adenylyl cyclase HpAC1 from Hippeastrum reveal dominant triphosphatase activity. Authors: Kleinboelting, S. / Miehling, J. / Steegborn, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 127.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 81.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3v85S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 24168.303 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 196 molecules ![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GCP / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 200 mM sodium thiocyanate 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9117 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.945→46.39 Å / Num. obs: 20207 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.0463927181 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.945→1.955 Å / Redundancy: 4.8 % / Num. unique obs: 3116 / CC1/2: 0.766 / Rrim(I) all: 0.696 / % possible all: 96 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V85 Resolution: 1.94541097376→46.3879815329 Å / SU ML: 0.268747387773 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32551139312 / Phase error: 27.3703181465
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.5068368143 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94541097376→46.3879815329 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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