+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fp8 | ||||||||||||
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Title | mTFP1/DARPin 1238_E11 complex in space group C2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | DE NOVO PROTEIN / Darpin / protein binder / designed ankyrin repeat protein | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Clavularia sp. (invertebrata) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.855 Å | ||||||||||||
Authors | Jakob, R.P. / Vigano, M.A. / Bieli, D. / Matsuda, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Affolter, M. / Maier, T. | ||||||||||||
Citation | Journal: Biol Open / Year: 2018 Title: DARPins recognizing mTFP1 as novel reagents forin vitroandin vivoprotein manipulations. Authors: Vigano, M.A. / Bieli, D. / Schaefer, J.V. / Jakob, R.P. / Matsuda, S. / Maier, T. / Pluckthun, A. / Affolter, M. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fp8.cif.gz | 246.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fp8.ent.gz | 199.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fp8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fp8_validation.pdf.gz | 482.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6fp8_full_validation.pdf.gz | 484.3 KB | Display | |
Data in XML | 6fp8_validation.xml.gz | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6fp8_validation.cif.gz | 32 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fp7C 6fp9C 6fpaC 6fpbC 2hqkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28546.164 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: mTFP1, contains cofactor PIA, made out of amino acids AYG Source: (gene. exp.) Clavularia sp. (invertebrata) / Plasmid: pRSFDUET-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9U6Y3 |
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#2: Protein | Mass: 19879.373 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pQiq / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1Blue |
-Non-polymers , 4 types, 419 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 10% PEG4000, 20% Glycerol, and 0.02 M of L-glutamate, glycine, DL-alanine, L-lysin, DL-serin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.99986 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99986 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.855→39.607 Å / Num. obs: 78111 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 2.4 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.855→1.97 Å / Redundancy: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 12129 / CC1/2: 0.652 / Rrim(I) all: 0.73 / % possible all: 93.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2HQK Resolution: 1.855→39.607 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / Phase error: 18.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.855→39.607 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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