+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oet | ||||||
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Title | D-Erythronate-4-Phosphate Dehydrogenase complexed with NAD | ||||||
Components | Erythronate-4-phosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase / NAD / Salmonella typhimurium LT2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-phosphoerythronate dehydrogenase / 4-phosphoerythronate dehydrogenase activity / 'de novo' pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / NAD binding / protein dimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.36 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: D-Erythronate-4-Phosphate Dehydrogenase complexed with NAD Authors: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oet.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3oet.ent.gz | 971.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oet.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3oet_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3oet_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 3oet_validation.xml.gz | 110.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3oet_validation.cif.gz | 149.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/3oet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/3oet | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2o4cS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 41856.012 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: LT2 / Gene: pdxB, STM2370 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL References: UniProt: P60802, 4-phosphoerythronate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25% PEG 3350,0.2M NH4 Acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2010 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→103.7 Å / Num. all: 128763 / Num. obs: 128763 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.39 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 2O4C Resolution: 2.36→30.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 17.941 / SU ML: 0.197 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.27 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.667 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→30.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.36→2.422 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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