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- PDB-5ieh: Structure of HLA-B*40:02 in complex with the phosphorylated endog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ieh
タイトルStructure of HLA-B*40:02 in complex with the phosphorylated endogenous peptide REF(p)SKEPEL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-40 alpha chain
  • Inner centromere protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Leukocyte Antigen System
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic cytokinesis / central element / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...regulation of mitotic cytokinesis / central element / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / lateral element / chromosome passenger complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / TAP binding / mitotic cytokinesis / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / mitotic spindle assembly / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / detection of bacterium / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / molecular function activator activity / chromosome segregation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / RHO GTPases Activate Formins / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / kinetochore / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / spindle / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / Separation of Sister Chromatids / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / microtubule cytoskeleton / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / mitotic cell cycle / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / midbody / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus
類似検索 - 分子機能
Inner centromere protein / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Inner centromere protein / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner centromere protein / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Inner centromere protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Alpizar, A. / Marcilla, M. / Santiago, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of HLA-B*40:02 in complex with the phosphorilated endogenous peptide REFpSKEPEL
著者: Alpizar, A. / Marcilla, M. / Santiago, C.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-40 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Inner centromere protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2094
ポリマ－45,1473
非ポリマー621
水11,367631
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.044, 82.249, 110.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-40 alpha chain / Bw-60 / MHC class I antigen B*40


分子量: 32051.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami pLys / 参照: UniProt: Q04826, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLys / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Inner centromere protein


分子量: 1216.233 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 47-55 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9PM67, UniProt: Q9NQS7*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM Tris 8.0, 20% PEG5K, 8% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.00556 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00556 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 128337 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 22.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.1精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→24.863 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 3697 4.94 %
Rwork0.1608 --
obs0.1619 74896 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.99 Å2 / Biso mean: 18.2082 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→24.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 10 631 3799
Biso mean--24.17 30.65 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0124461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6711969
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.51970.2211360.187326682804
1.5197-1.54060.20091450.175527052850
1.5406-1.56260.2021390.175927112850
1.5626-1.58590.19761320.170827212853
1.5859-1.61070.19931390.168627032842
1.6107-1.63710.19071300.169327282858
1.6371-1.66530.21461470.17126922839
1.6653-1.69560.2121470.170726972844
1.6956-1.72820.19491300.168227262856
1.7282-1.76340.19271430.165927272870
1.7634-1.80180.18721440.168526702814
1.8018-1.84370.19061590.161626962855
1.8437-1.88970.19011330.164327572890
1.8897-1.94080.19061430.156927072850
1.9408-1.99790.16851360.158927332869
1.9979-2.06240.18551390.155527502889
2.0624-2.1360.20081470.153127092856
2.136-2.22150.17411610.158727472908
2.2215-2.32250.16731410.155827342875
2.3225-2.44490.15761170.156427662883
2.4449-2.59790.19011560.159527282884
2.5979-2.79830.19231390.164427722911
2.7983-3.07940.18451320.163227792911
3.0794-3.52390.19031500.159727892939
3.5239-4.43570.16181550.145828302985
4.4357-24.8660.17671570.167729543111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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