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- PDB-6xqa: Crystal Structure of HLA A*2402 in complex with TYQWVLKNL, an 9-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqa
タイトルCrystal Structure of HLA A*2402 in complex with TYQWVLKNL, an 9-mer epitope from Influenza B virus
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A*2402 / influenza virus B / IBV / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1122524 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159272 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: CD8 + T cell landscape in Indigenous and non-Indigenous people restricted by influenza mortality-associated HLA-A*24:02 allomorph.
著者: Hensen, L. / Illing, P.T. / Bridie Clemens, E. / Nguyen, T.H.O. / Koutsakos, M. / van de Sandt, C.E. / Mifsud, N.A. / Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Chua, B.Y. / Halim, H. / Rizzetto, S. / ...著者: Hensen, L. / Illing, P.T. / Bridie Clemens, E. / Nguyen, T.H.O. / Koutsakos, M. / van de Sandt, C.E. / Mifsud, N.A. / Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Chua, B.Y. / Halim, H. / Rizzetto, S. / Luciani, F. / Loh, L. / Grant, E.J. / Saunders, P.M. / Brooks, A.G. / Rockman, S. / Kotsimbos, T.C. / Cheng, A.C. / Richards, M. / Westall, G.P. / Wakim, L.M. / Loudovaris, T. / Mannering, S.I. / Elliott, M. / Tangye, S.G. / Jackson, D.C. / Flanagan, K.L. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Davies, J. / Miller, A. / Tong, S.Y.C. / Purcell, A.W. / Kedzierska, K.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0438
ポリマ－89,9946
非ポリマー492
水10,575587
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9973
ポリマ－44,9973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0465
ポリマ－44,9973
非ポリマー492
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.066, 122.966, 86.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA-A*2402 heavy chain


分子量: 31952.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド PB2-549-557 peptide from Influenza B, TYQWVLKNL


分子量: 1165.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: influenza virus
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 24% PEG8000, 0.1 HEPES pH 7.5, 2% isopropanol, 5% w/v Polyvinylpyrrolidone K15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→44.81 Å / Num. obs: 49524 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 188348 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.16-2.233.80.5381574441880.8192.696.9
8.92-44.813.50.01925567240.99949.797.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7M

4f7m


解像度: 2.16→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2507 5.07 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 49496 98.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 126.55 Å2 / Biso mean: 35.14 Å2 / Biso min: 3.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4082 Å20 Å26.219 Å2
2--6.4114 Å20 Å2
3---0.9969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 0 2 587 6887
Biso mean--39.06 40.54 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2243SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes939HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6488HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion799SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7413SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6488HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8801HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 151 4.59 %
Rwork0.2048 3140 -
all0.2081 3291 -
obs--88.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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