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- PDB-5i97: Structural analysis and inhibition of TraE from the pKM101 type I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i97
タイトルStructural analysis and inhibition of TraE from the pKM101 type IV secretion system
要素Conjugal transfer protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / bacterial secretion / type IV secretion / VirB
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / membrane
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Conjugal transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.441 Å
データ登録者Casu, B. / Sygusch, J. / Baron, C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR MOP-84239 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis and Inhibition of TraE from the pKM101 Type IV Secretion System.
著者: Casu, B. / Smart, J. / Hancock, M.A. / Smith, M. / Sygusch, J. / Baron, C.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conjugal transfer protein
B: Conjugal transfer protein
C: Conjugal transfer protein
D: Conjugal transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2724
ポリマ－75,2724
非ポリマー00
水1,20767
1
A: Conjugal transfer protein
B: Conjugal transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6362
ポリマ－37,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Conjugal transfer protein
D: Conjugal transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6362
ポリマ－37,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.049, 123.362, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Conjugal transfer protein / Conjugal transfer protein TraE / TraE / TraE protein / Inner membrane protein forms channel for ...Conjugal transfer protein TraE / TraE / TraE protein / Inner membrane protein forms channel for type IV secretion of T-DNA complex / VirB8 / Type IV secretion of T-DNA VirB8 / Uncharacterized protein


分子量: 18818.104 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 42-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: traE, B634_00049, ECONIH1_27615, pec386IL_00125, pEcNDM0_00049, pHKU1_33, pKC394-028, pKC396-021, pMUR050_041, pN3_023, PU53_15805
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q17U16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 16% (w/v) PEG 10,000, 50 mM Bis-Tris (pH 5.5), 100 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.441→38.6 Å / Num. obs: 28596 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 2.441→2.529 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CC3

2cc3


解像度: 2.441→38.6 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 1926 6.98 %
Rwork0.24 --
obs0.2466 27606 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.441→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4569 0 0 67 4636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0916336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1381744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4414-2.50240.34531230.30851657X-RAY DIFFRACTION88
2.5024-2.57010.33131290.30331688X-RAY DIFFRACTION91
2.5701-2.64570.3611290.3071737X-RAY DIFFRACTION93
2.6457-2.7310.34131340.30171774X-RAY DIFFRACTION94
2.731-2.82860.33871300.30121784X-RAY DIFFRACTION95
2.8286-2.94180.32131390.30061822X-RAY DIFFRACTION96
2.9418-3.07570.35751360.28441850X-RAY DIFFRACTION98
3.0757-3.23770.32241390.31151843X-RAY DIFFRACTION98
3.2377-3.44050.32531420.28551896X-RAY DIFFRACTION99
3.4405-3.70590.31061410.25851867X-RAY DIFFRACTION100
3.7059-4.07850.29971420.24381895X-RAY DIFFRACTION100
4.0785-4.66780.24281450.19121922X-RAY DIFFRACTION100
4.6678-5.87760.22761460.19611939X-RAY DIFFRACTION100
5.8776-38.6080.21661510.20152006X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.266 Å / Origin y: -19.8622 Å / Origin z: -10.2076 Å
111213212223313233
T0.3033 Å20.0195 Å2-0.0924 Å2-0.2966 Å2-0.0585 Å2--0.296 Å2
L1.1136 °20.0264 °2-0.3494 °2-0.5977 °20.1027 °2--0.9673 °2
S0.0619 Å °0.297 Å °-0.0892 Å °-0.047 Å °-0.0288 Å °0.0953 Å °0.1127 Å °-0.1197 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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