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Yorodumi- PDB-2r2a: Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2r2a | ||||||
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Title | Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin from Neisseria meningitidis | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | TOXIN / Zonular occludens toxin / structural genomics / APC84050.2 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Zona occludens toxin, N-terminal / Zonular occludens toxin (Zot) / membrane => GO:0016020 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Zot domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis MC58 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Patterson, S. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of N-terminal domain of zonular occludens toxin from Neisseria meningitidis. Authors: Osipiuk, J. / Patterson, S. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2r2a.cif.gz | 94.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2r2a.ent.gz | 79.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2r2a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Authors state that the biological unit of this protein is unknown. |
-Components
#1: Protein | Mass: 23003.057 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain: Residues 1-196 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis MC58 (bacteria) / Species: Neisseria meningitidis / Strain: MC58 / Serogroup B / Gene: NMB1551, NMB1626 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9JRY6 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, 20% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2007 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→34.4 Å / Num. all: 38209 / Num. obs: 38209 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 28.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.9 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 2923 / % possible all: 74.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.82→34.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.407 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.803 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→34.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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