PDB-4qma: Crystal Structure of a Putative Cysteine Dioxygnase From Ralstoni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qma

タイトル

Crystal Structure of a Putative Cysteine Dioxygnase From Ralstonia eutropha: An Alternative Modeling of 2GM6 from JCSG Target 361076

要素

Cysteine dioxygenase type I

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PUTATIVE "Gln-type" CYSTEINE DIOXYGENASE / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia eutropha JMP134 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hartman, S.H. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structures of Arg- and Gln-type bacterial cysteine dioxygenase homologs.
著者: Driggers, C.M. / Hartman, S.J. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年11月26日	ID: 2GM6
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月29日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qma.cif.gz	99.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qma.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qm8C 4qm9C 2gm6 PDB 未公開エントリS 3uss C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ako-d 1epz-d 3g6n-2 2fbv-d 6tkn-1 2zo1-3 4k4f-2 1ep0-d 5lq6-d 4qqf-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type I

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.007, 57.007, 216.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-525- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type I 分子量: 23007.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia eutropha JMP134 (バクテリア) 株: JMP 134 / LMG 1197 / 遺伝子: Reut_B5045, YP_299237.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46R41

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.97925, 0.91837, 0.97882

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97925	1
3	0.91837	1
4	0.97882	1

反射

解像度: 1.65→45 Å / Num. all: 44377 / Num. obs: 44377 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_sym value: 0.025 / Net I/σ(I): 14.1

反射シェル

解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 16.5 % / R_merge(I) obs: 0.5335 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 2185 / R_sym value: 1.302 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

開始モデル: Fourier Synthesis based on 2GM6

2gm6
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.65→44.748 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	2217	5 %	Same as ReCDO, random 5% to 1.65 Ang
R_work	0.1741	-	-	-
obs	0.1754	42041	99.87 %	-
all	-	82002	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1499	0	49	209	1757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	2213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.641	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6694	0.4201	127	0.3627	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6694-1.6898	0.3563	121	0.3602	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6898-1.7112	0.3465	127	0.3628	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7112-1.7337	0.4053	151	0.3396	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7337-1.7574	0.3304	148	0.3285	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7574-1.7825	0.3238	131	0.3249	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7825-1.8091	0.2909	137	0.3138	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8091-1.8374	0.287	131	0.3144	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8374-1.8675	0.304	127	0.2887	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8675-1.8997	0.3292	166	0.2755	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8997-1.9343	0.2425	156	0.245	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9343-1.9715	0.2754	139	0.238	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9715-2.0117	0.2612	143	0.2286	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0117-2.0555	0.2361	137	0.2159	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0555-2.1033	0.2621	117	0.2198	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1033-2.1559	0.2193	157	0.1979	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1559-2.2142	0.2215	165	0.179	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2142-2.2793	0.1748	158	0.1706	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2793-2.3529	0.2255	161	0.1645	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3529-2.437	0.1911	140	0.1658	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.437-2.5345	0.1819	129	0.158	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5345-2.6499	0.1966	136	0.1539	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.7896	0.2039	146	0.162	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7896-2.9643	0.2296	163	0.1761	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9643-3.1931	0.179	145	0.1725	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1931-3.5144	0.2129	141	0.1596	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5144-4.0226	0.1557	134	0.1486	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0226-5.067	0.135	134	0.1224	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
5.067-44.7646	0.1962	136	0.1658	2688	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.5971 Å / Origin y: 21.0005 Å / Origin z: 37.2235 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3632 Å²	0.0757 Å²	-0.0615 Å²	-	0.2898 Å²	-0.0215 Å²	-	-	0.269 Å²
L	0.9058 °²	0.4243 °²	-0.4857 °²	-	1.4719 °²	-0.638 °²	-	-	3.055 °²
S	-0.1417 Å °	0.0201 Å °	0.1114 Å °	-0.196 Å °	0.0637 Å °	0.1759 Å °	-0.203 Å °	-0.3025 Å °	0.0594 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 11 through 202

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関連情報:EMDBヘッダ

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