PDB-5i8d: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 S2064P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i8d

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC19-21 S2064P

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cochlear hair cell ribbon synapse / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Jaiganesh, A. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2016年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i8d.cif.gz	146.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i8d.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i8d_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i8d_full_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示
XML形式データ	5i8d_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	5i8d_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/5i8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tfkC 5tflC 5tfmC 5uluC 5un2C 5uz8C 5vh2C 5vt8C 5vvmC 5w4tC 5wj8C 5wjmC 2a62S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5un2-d 5tfk-d 2wpq-d 5w4t-2 5tfm-d 5w4t-3 5wme-d 5uz8-d 4qkw-d 5w4t-1 4xa6-2 1u4q-2 5w4t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.722, 67.754, 112.782
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 38217.414 Da / 分子数: 1 / 変異: S2087P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET-21 a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.025M Calcium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate, 25% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-Jet crystal cryocoolers
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→111.36 Å / Num. obs: 15826 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 63 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.38
反射シェル	解像度: 2.69→2.75 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Cadherin-8 (2A62)

2a62

解像度: 2.69→111.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 36.516 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25273	809	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21875	-	-	-
obs	0.22052	15017	97.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.301 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	-0 Å²	2.68 Å²
2-	-	9.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→111.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2562	0	7	9	2578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.971	3584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	5692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.876	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.722	25.932	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.351	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.781	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.894	3.785	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.895	3.786	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.493	5.678	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.493	5.678	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.799	3.883	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.798	3.883	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.386	5.789	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.722	29.829	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.676	29.822	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.688→2.758 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.456	48	-
R_work	0.41	886	-
obs	-	-	80.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3091	0.5061	0.0764	2.7053	1.6496	11.5047	-0.0129	0.0472	-0.0513	-0.1436	-0.1887	-0.054	-0.1982	-0.1667	0.2017	0.0343	-0.0582	-0.0645	0.4257	-0.0602	0.4996	52.897	-10.828	203.605
2	1.3823	-0.58	-3.7882	0.552	1.8009	10.6648	0.0412	-0.2177	0.0043	0.1658	0.0243	0.0288	0.1736	0.5933	-0.0656	0.2677	0.0329	-0.1002	0.3598	-0.0184	0.4886	63.293	-27.701	160.012
3	6.8514	0.1112	0.4433	1.4632	1.9093	8.2551	-0.3901	0.1132	-0.4673	-0.0281	0.2245	0.2185	0.2313	1.6789	0.1656	0.0465	0.0524	-0.0482	0.3698	0.0433	0.4941	69.943	-39.526	112.671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1929 - 2040
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2264 - 2266
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2041 - 2145
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2267 - 2269
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2146 - 2263
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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