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- PDB-5i6h: Crystal structure of CD-CT domains of Chaetomium thermophilum ace... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i6h | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of CD-CT domains of Chaetomium thermophilum acetyl-CoA carboxylase | ||||||||||||
![]() | Acetyl-CoA carboxylase-like protein | ||||||||||||
![]() | LIGASE / Carboxylase / Fatty acid metabolism / Multienzyme / Carrier protein-dependent enzyme | ||||||||||||
Function / homology | ![]() biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The dynamic organization of fungal acetyl-CoA carboxylase. Authors: Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 965.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 488.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 58.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 87.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5i6eSC ![]() 5i6fSC ![]() 5i6gC ![]() 5i6iC ![]() 5i87C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 169330.062 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The crystallized construct contains amino acids 787-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). Due to formatting restrictions the SEQRES card was truncated C-terminally to residue R2261. C- ...Details: The crystallized construct contains amino acids 787-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). Due to formatting restrictions the SEQRES card was truncated C-terminally to residue R2261. C-terminal stretches after L2259 in chain A and R2261 in chain B could not be modeled unambiguously and were interpreted as poly-Ala/UNK residues. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: CTHT_0021690 / Production host: ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: Bicine, PEG8000 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 7.2→49.85 Å / Num. obs: 14050 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 749.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.95 |
Reflection shell | Resolution: 7.2→7.39 Å / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 3.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5I6F, 5I6E Resolution: 7.2→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7578 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7313 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 2.194
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Displacement parameters | Biso mean: 271.59 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.87 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 7.2→49.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 7.2→7.78 Å / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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