[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5i6h: Crystal structure of CD-CT domains of Chaetomium thermophilum ace... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i6h | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of CD-CT domains of Chaetomium thermophilum acetyl-CoA carboxylase | ||||||||||||
Components | Acetyl-CoA carboxylase-like protein | ||||||||||||
Keywords | LIGASE / Carboxylase / Fatty acid metabolism / Multienzyme / Carrier protein-dependent enzyme | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (fungus) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 7.2 Å | ||||||||||||
Authors | Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T. | ||||||||||||
Funding support | Switzerland, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: The dynamic organization of fungal acetyl-CoA carboxylase. Authors: Hunkeler, M. / Stuttfeld, E. / Hagmann, A. / Imseng, S. / Maier, T. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i6h.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5i6h.ent.gz | 965.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i6h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/5i6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/5i6h | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5i6eSC 5i6fSC 5i6gC 5i6iC 5i87C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 169330.062 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains,CD-CT domains Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The crystallized construct contains amino acids 787-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). Due to formatting restrictions the SEQRES card was truncated C-terminally to residue R2261. C- ...Details: The crystallized construct contains amino acids 787-2297 (aligned to accession code: G0S3L5). Due to formatting restrictions the SEQRES card was truncated C-terminally to residue R2261. C-terminal stretches after L2259 in chain A and R2261 in chain B could not be modeled unambiguously and were interpreted as poly-Ala/UNK residues. Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus), (gene. exp.) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (fungus) Gene: CTHT_0021690 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: G0S3L5 |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: Bicine, PEG8000 |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 7.2→49.85 Å / Num. obs: 14050 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 749.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.95 |
Reflection shell | Resolution: 7.2→7.39 Å / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 3.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5I6F, 5I6E Resolution: 7.2→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7578 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7313 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 2.194
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 271.59 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.87 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 7.2→49.85 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 7.2→7.78 Å / Total num. of bins used: 7
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|